掀起了风波！然而出乎孙文等同盟会人意料之外的是，这一次全国舆论却是没有像以前一样一边倒向了南方各省，而是分成了好几派，隐约竟然是支持定都燕京的风声最高。
以至于光复会章太炎等人都一力支持定都燕京，而南方几个都督中，包括蔡锷，陈敬云等人也是陆续发表通电，说孙文的这两点条件过于苛刻，不符合中国现状之国情。在这样的氛围下，各省代表组成的参议院竟然以20票支持，8票反对的绝对优势通过定都燕京的提议。对于这个结果，同盟会一众高层是事先没有想到过的。
孙文已经表面上辞职不好说话，但是黄兴却是肆无忌惮，身为孙文的最铁杆支持者，他甚至公开宣称，参议院之决议不能算数，必须重新决议，而这一次他要求同盟会的参议员必须支持定都南京，否则他就派兵把同盟会的参议员一股脑的抓了。
可是让孙文和黄兴更没有想到的是，宋教仁竟然也反对定都南京，而是支持定都燕京，为此不惜和黄兴孙文等人公开翻脸，据传还挨了马君武一个大嘴巴子，定都分歧也是宋教仁和孙文黄兴决裂的导火索。
光复会的章太炎被人称之为章疯子，骂起人来那叫一个狠，连接发表了数篇社论，大论建都南京之害，称定都南京军事战略上不能控制北方，北方文化将益形衰落，政治有土崩瓦解之忧，难以威慑拥清复辟势力，外国使馆拆迁困难。然后更是直指孙黄二人力争定都南京为私利之争，置国家于不顾只为满足个人权力私欲。
孙文被骂的发晕，也是公开了支持定都南京的理由，说：“今所争要者，但以新民国暂时中央机关所在，系乎中外之具瞻，勿任天下怀宫庙未改之嫌，而使官僚有城社尚存之感，则燕京暂置为闲邑，宁府首建为新都……至于异曰久定之都会，地点之所宜，俟大局既奠，决自正式国论，今且勿预计也！”
话里面的意思也简单，就是说怕定都燕京的话，让人认为满清还没有灭亡，所以不能定都燕京，得先定在南京，可能这话说的有些心虚，所以又加了一句