后，他才迫于形势不得不降下大清的黄龙旗，但他心中的黄龙旗至死也没降下。1912年2月清宣统帝退位后，为表达效忠清室，赵尔巽、张作霖、袁金铠等人策划，对东三省全境的革命党人和无辜平民进行血腥屠杀。1914年出任清史馆馆长，想通过纂修清史，以示不忘先朝隆恩。
武昌起义后，东三省也陷入了“保皇还是革命”的困境当中，当时驻东北的新军将领希望革命，推翻清王朝，而东三省总督赵尔巽却主张暂时观望，反对革命。这时，深知赵尔巽心思的张作霖当机立断，他立即亲率所辖步骑7个营的全部人马从驻地出发，马不停蹄，日夜兼程，直奔奉天省城。
到达省城后，张作霖马上求见赵尔巽，他假装诚惶诚恐地说：“因局势紧张，惟恐总督陷于危境，下官迫不及待，率兵前来勤王。如总督认为未奉命令，擅自行动，下官甘愿接受惩处。”赵尔巽这时正被新军所包围，他见张作霖率领人马及时赶到，谢天谢地还来不及，哪里还会给予处罚？
在张作霖等巡防营旧派势力的支持下，赵尔巽随后便精心布置，邀请其他新军将领前来议事。会议召开之前，赵尔巽派张作霖在会场内外布置人马，持枪待命，准备在局势失控的情况下使用武力镇压。
等到各将领到会场后，张作霖陪着赵尔巽最后来到，他手里拿着一个羊肚毛巾包，一进屋便“啪”的一声甩到桌上，恶声恶气的说：“妈拉巴子，这是炸弹！咱们今天谁要是说妨碍皇上的话，咱就戳响它，谁也别想逃出这屋子！”
张作霖说完，便一边坐下，一边握着那个羊肚毛巾包。赵尔巽听后，笑嘻嘻的招呼大家坐下，宣布开会。赵尔巽老奸巨猾，他先是说了一通“大家都是拿朝廷的俸禄、吃皇上的饭，要鞠躬尽瘁，死而后报”的大道理，随后又假装循循善诱，说“各位年青，遇事喜欢莽撞，千万要见机行事来”，以此来蒙骗各位新军将领。
但是，赵尔巽苦口婆心的劝说并没有赢得那些新军将领的支持，只是大家对那个羊肚毛巾包里到底是什