会兵不得，乃奉义阳王朝墠号令，入太湖，屯兵西山继续抗清。
当时南京不守，江南各地义军推举黄蜚为盟主，转战江南。
隆武元年七月十一，黄蜚兵溃，与总兵吴志葵合兵。
八月六日，与吴志葵想要退往舟山，兵败得胜港，黄蜚身中三矢。
妻子等一门三十余人全部投水自杀后，他自己也跳入水中欲死。
被清兵钩住生擒，问他话不答，劝降他不可，就弄断黄蜚的左手。
蜚被绑至南京，见到洪承畴，用右手指着他叫骂。
清军又把黄蜚右手弄断，骂益烈，又把他舌头割掉，黄蜚犹呢哑不停。
九月五日，与薛去疾、唐世荣都在水西门外斩首，这就是黄蜚！