管家大太监梁芳为阉贼，并请斩继晓、梁芳以谢天下。
措词之激烈，实为本朝所罕见。比当年方清之更胜一筹。这引起了天子空前的愤怒，因为对东厂不满，天子便下令由锦衣卫捉拿林俊下狱。
而锦衣卫镇抚司对林俊进行拷打之后，拟定为死罪，消息传了出来，朝野哗然。明眼人都看得出，锦衣卫哪敢随便判大臣死刑，这分明是天子真起了杀机，要诛杀林大人泄恨。
连方应物都很佩服。成化朝至今十九年，能惹得天子动杀机的大臣实在屈指可数，连自己外祖父王恕以刚直敢言烦人出名，也没逼得天子动杀机。只是将王老头外放了之。而这林俊林大人，偏生就有这个本事。
同时，林俊在狱中所做的一首诗流传了出来：抱病死将至。临刑命复传。老亲犹有赖，弱息不须怜。臣本比干后。君令虞舜前。尚方未赐死，感激向谁先。
感于林大人的忠义。朝廷有识之士纷纷上疏营救，议论林俊罪不及死。而负责奏疏传达的通政司也很配合，总是将这类奏疏集合起来优先送进宫中。
太监之首、司礼监掌印太监、人称内相的怀恩看到奏疏，长叹一声，亲自面见天子奏道：“杀林俊将失去百官之心，不可取也！奴婢不敢奉诏！”
天子大怒，手持砚台砸向怀恩。怀恩顿地号泣，被天子呵斥而出，后怀恩称病不出。
此后朝廷出现了短暂的失声，群臣纷纷感慨怀恩太监之耿直时，也只能叹道：“若连内相怀恩拼死进谏都解救不了林俊，还能如何是好？还能有谁站出来？”
就在这万马齐喑的时候，宛平县知县方应物的奏疏晃晃悠悠送进了通政司，仿佛是迟到了似的。
但迟到不意味着迟钝，方应物的奏疏内容传开后，满朝一片哗然，这实在是很劲爆！
方大人在奏疏里直言不讳道：“臣不知林部郎所言有何过错？妖僧继晓、内监梁芳诚然为祸国殃民之辈！臣在京师地面为亲民官，耳濡目染民间疾苦，深知僧道、近幸此辈为害久矣，与次辅刘珝之辈