至此整个行朝全部迁到了琼州，赵昺下旨放假三天，让众臣安排家事和众军进行休整。而这几天他也没有闲着，分别召见了琼州旧将，详细了解他离开后的各种情况。然后又请太后提议举行朝议，就行朝的人事和军事等紧要问题进行商讨。太后应允，却称病没有出席，下懿旨由陛下代为主持，只将议后的决议告之即可。
三月初一日，在大庆殿举行了行朝迁琼后的第一次大朝会。颁布诏令升琼州为府，作为大宋临时行在，管琼州和昌化军两州；同时改吉阳军为崖州府，领吉崖州和万安军。以江璆知琼州府，以蔡完义知崖州府，赵与珞升为户部侍郎。同时撤销琼州制置司，以文天祥为右相兼枢密院副使，应节严为参知政事，刘师勇为枢密院佥事。
同时对各军进行整编，原帅府军改为殿前侍卫亲军，下辖前、后、左、右、中，五军，兵额六万，仍以赵孟锦为都统；将行朝所属各军和勤王义勇皆归于殿前禁军，亦改编为五军，兵额四万，以江铭为都统。同时将各部水军统一遍为殿前水军，下辖白沙水军、澄迈水军和临高水军，及直属摧锋军、勇敢军，兵额四万万人，以刘洙为都统。
同时保留御前护军，兵额万人，以倪亮为都统。如此行朝共有兵力十五人，裁减的兵额暂归于转运司辎重军。另外成立皇城司，将原帅府的总计司、匠作司、修造所和事务局及护军侍卫营划入其中。入内侍省仍以王德为都知，窦兴为副都知，负责宫内一切事宜。而行朝各部及琼州各州县官员暂不做变动，仍各司其职。
诏令一下，朝廷上下都大松口气，因为早有流言传出，迁琼后陛下将对行朝官员进行清洗，换成潜邸旧臣。而陆相也在准备精减官员，以便减少财政开支，那样大批官员将会赋闲，因此到琼后人心浮动，惶惶不安，都在为自己谋求后路。因此上朝时大家是个个蔫头耷脑，提心吊胆，害怕回家之后就已经没了饭碗，可结果大出众臣意外，当然是无不赞陛下仁德。
按照宋朝惯例，在端午节应赐给百官夏服，完整的五件套包括