在博鳌避暑三个月的皇帝于中秋节前圣驾悄然回到府城，次日便召开堂议专门研究军改之事，在各位宰执和部省主官阐述了自己的看法后，赵昺发现经过这段时间的争论虽然反对的声音弱了下去，不过仍对实施文武同阶存在较大的疑虑和分歧，而高层反对的声音倒是少了，更多的是来自于中、敌级别的官员和那些未入仕的士子们。
赵昺清楚那些人担心武人侵占了他们上升的渠道，进而得势后甚至会断绝他们入仕的途径。而众臣的态度对此也多有暧昧，支持与否也不明了。他清楚这些人也有苦衷，他们谁也不想当出头鸟，是怕被士人唾弃，成为士族的千古罪人。
所以众臣各自发言便冷了场，想发言支持的也闭了嘴，而赵昺心中暗自冷笑，他们打得主意就是双方都不得罪，用议而不决的方式拖延下去，拖到自己没了脾气，辩论者失去了兴趣，武人们凉了心，军改之事也就被拖黄了。所以他知道再这么下去等于白费时间，而实施的火候已经差不多了，便着令先放下争执再议，先行对各部按照新的军制进行整编。
接着赵昺下旨以军机处主持军改之事，枢密院和各部密切配合，务必在十月前完成枢密院及兵部的机构调整。随后兵部和枢密院各司其职，在年底前按照新军制完成各军的整编，三个月后形成战斗力。并强调此事乃是行朝当前第一要务，有意见可以，但无论何人从中作梗绝不容情，一律以藐视声明论罪。同阶之事在改编完成后再议。
另外赵昺拟重开国子监，欲在明年三月开科举选才。同时拟以马廷鸾、王应麟和舒岳祥为翰林学士院学士，邓文原为崖州府通判，熊禾为琼州府学学正，谢翱入兵部为郎中。其余来投士子有官身者着令吏部妥善安排，余者可暂入府学学习，可直接参加礼部会试，以示褒奖。
赵昺说完之后，没有向从前一样征求众臣的意见，而是即刻离座。众臣恭送后，各自对视一眼也悄然散去，他们都明白臣子虽然有驳回的之权，但是君主一旦行事强势，臣子图谋干扰帝王的人事安排，当然