赵昺知道蒙元的远征军看似毁于风暴，而他从一个船舶工程师的角度看，其实应该说是毁于船只自身的问题。忽必烈下令动员攻击日本，只给了一年的准备时间。在短短的一年时间里，要造出四千多只船来，对于当时还没有形成大规模生产技术的古代工匠来说，造船技术再高明，也没有实现目标的可能。
为了达成数目，只好粗制滥造，甚至滥竽充数。粗制滥造，就是为了进度而牺牲精度，主要是主船桅的安装位子不准确，固定不牢靠的致命缺陷。这样的船，天生的不平衡，只要有点风浪，就会不停地摇晃。滥竽充数就是把内河用的船拿来充数，平底的河船在海里经不住海浪，很容易翻船。
自襄阳之战到崖山之战，元军捕获南宋战船达六千艘以上，另外从投降的南宋水军处，元军也接管了许多战船。即使其中有许多战船破损、沉没，但截至第二次远征日本时，从南宋捕获、接管的战船数量仍很大。当时南宋水军的主要战斗在内河与近海，南宋水师熟悉河战却不解海战，因而收编南宋水军装备的大都是平底船。
这种船大约发明于唐代，宋以后被普遍采用。其船在结构上便于分舱，有利于军队在航行途中进行军需品的管理和装卸，但是舱板结构取代了加设肋骨的工艺，简化了主体结构，导致了船舶整体的横向强度的削弱。内河由于水平浪缓，这种船能很好的胜任，但在茫茫大海上，这种船便不那么坚固了。
另外高丽军出征所用的战船全部是自造，而高丽国小贫苦，要承担建造九百余艘战船的任务，这对于他们来说是极为沉重的负担。加上工期紧，造船的时候当然就免不了偷工减料的赶工期，据说甚至将报废的旧船修修补补也拿来充数，这些船的质量可想而知。
所以此次征日中大型运输船、中型战船中，还多少是作为远洋船新建的战船、从海上势力收缴的船舶、从民间收缴的商船、从原南宋海军接管的海船等，尚能用于远海作战。但小型战船、登陆用舟艇则从宋水军接管的吃水浅、抗风能力较弱的内河船，