想明白了事情的前前后后，搞清楚了当前的形势，赵昺下旨命留守琼州的兵部侍郎江钲为湖广路讨贼总部署，枢密院统领司韩振为帅，统领第六、七、八、九四个师跨海北上，集兵于一路直捣荆州，占领这个战略要地，完成战略合围。于此同时着令护军二旅助怀勇及平海两军攻取明州府，占据庆元路，免除绍兴的东翼的威胁。
马廷鸾接管绍兴府后也立刻开始着手整顿，当前首要任务便是铲除蒙元残余势力**细，毕竟皇帝驻跸于此，若是出了差错，他是万死莫赎。在护军一旅的配合下，随即展开了清洗，已有广州、泉州的先例所循，首先对一众旧官员进行甄别和调换，与蒙元有关的商旅巨贾进行抓捕。
绍兴临近杭州本就是商业繁荣之地，贪财的蒙古人当然不会这块肥肉，他们纷纷在利用自己特殊的身份在在此设置商号，侵占良田，因此暴富。在此聚集的蒙古人和色目人不下万千，可没想到一夜之间变了天，能够逃走的十中无一，且人能跑，多年的积攒却带不走，皆被查封没官。
令赵昺没想到的是别看马廷鸾平日温文尔雅，但杀起人来同样毫不手软，甚至比自己有过之而不及。凡是蒙古及色目官员，上至断事官，下至驻于乡里的‘弹压’的小吏皆被处死，家财没收，家眷入官；而对于当年叛降的大宋官员也不客气，管你是因为未免百姓被屠戮而献城的，还是遵照太后‘诏令’开城迎贼的，全部拿下；对于资敌的商贾士绅同样也不留情，尽数一网打尽。
马廷鸾杀红了眼，赵昺都有些看不下去了。对于杀蒙古人和其狗腿子色目人，他没有什么意见，这些人是元王朝的受益者，也是最为坚定的支持者，在当前敌强我弱的形势下即便投降也是虚以为蛇，等待哪天变天呢！一旦自己稍有失利，便会重新跳出来助敌，杀了倒也干脆，免留后患。
当年叛降及主动助敌的原宋朝官员，赵昺也没有一丝怜悯皆以谋叛之罪处死，未成年子弟及女眷充官为奴；而对于被动降敌，属于从犯者只追究其一人之罪，家眷得免；在王