回回水军万户马合木率全军随着潮水的退却从淮河入海口冲入海中，他乘坐的帅船是一艘三千石的三层大型战船，可搭载数百名水军，紧随其后的五艘战船皆是二千石以上的战船，上面不仅配置着拍竿、抛石机这样的重型武器，还有三百余名弩军，二百多名战兵。
在以大型战船组成的先锋船队后，便是是由二百余艘五百石至千左右的拔都船及一些伴随左右的小型哨船组成的中军和后军。拔都船上除了水手，搭载的皆是战兵，他们进入外海后将承担突击敌方船队，夺取战船的任务。而哨船则负责侦察敌情，传递消息，抢救落水的己方士兵的任务。
马合木站在帅船顶甲板上扫视着四周海面，他的眼神有些忧郁，回回水军隶属枢密院，是侍卫亲军中唯一的一支水军部队，也是在荆湖水军、龙兴水军和海运漕军损失殆尽后的最后一支水军。整支军队皆是由随成吉思汗西征虏获的波斯、大食等中亚小国的士兵组成。
但这么多年过去了，编成的回回军第一代皆已老去，当下回回水军中的军兵已经是第二代，甚至第三代了，虽然还保留着先祖的信仰和生活习惯，但早已忘记了故国是什么模样。即便作为万户的马合木也是承袭的父爵，在平定江南时被改编成水军，参加过一系列争夺江淮地区的水上战役，战后作为探马赤军留守淮安，镇守山东和河南地区。
作为朝廷的战略部队，他们没有参加远征日本及安南的对外战争，而是在当地娶妻生子，渐渐的将这里当做了家乡。在江南平定后，经过一系列的整编，回回水军吞并了周边的一些回回屯驻军及工匠千户，成立了回回水军万户，下辖六个正军千户、四个屯军千户和一个工匠千户所，还有附属于他们的由驱民和新附军组成的百户所。
军屯是按照军队组织系统进行管理的，有关军屯的一切事宜，都由枢密院决定，呈报皇帝批准。军屯的土地，主要是因战争破坏而荒废的空地，均由朝廷发给耕牛、农具和种子，或者给钞作兴建屯田之资。屯田的士兵，有的就地落户，或全户