“损失大小鸟船三十二艘、大小赶缯船二十四艘、小炮船一艘、双帆艍船十五艘、各色艚船四十三只”
施琅入鹿耳门之时尚有各种船只五百五十三艘，如今几近损失了四分之一。
“阵亡总兵官陈昌、副将黄昌、蒋懋勋，参将许克济、罗士鉁、陈远致、谢英，游击何应元、方凤、陈义、朱春以下将官二十九员、其余官弁目兵四千二百二十六员、伤者有参将罗易以下二千五百七十一员”
伤亡这么惨重的原因主要是外围战船被郑军的火攻小划子突破之后，内圈艚船上的清军陆师在火起之后纷纷选择跳水逃避，结果不识水性的清军烧死、烧伤的不过一千余人，其余的皆是溺毙在内海之中。
“损失一千五百斤大佛郎机炮一门、三百斤虎蹲炮一百四十七门，战马及驮马二百五十六匹，鸟铳、铠甲、刀枪、火药等不可估算，另有”
面对惨痛的伤亡数字和极大的物资损失，施琅虽不动声色，但他手下那些总兵、副将们却未免有了一些其他的想法。
要知道，当初攻打澎湖时施琅带来的清军约有三万，海战中伤亡了八千多，尽管又俘获和接收了一万左右的郑军，但施琅对他们信不过，只是选取了中的八千人作为补充，此后因为郑克臧不愿投降施琅便又从铜山和思明运来三万人的部队，其中一万清军及二千郑军俘虏留守澎湖，跟着施琅一起攻打东宁的约有五万。这五万之众当中陆师约占六成有三万之数，水兵不过两成计两万人。
抵达东宁之后，清军先是在北汕尾岛上损失了八百多人，久攻不下之后留下二千余人围困童子军炮垒；其后，在突破南航道时，前后又折损了包括一艘大炮船在内的十七条战船一千余人，至此清军只剩下四万六千余人，如今又有几近七千人的伤亡，等于说前后清军已经有超过五分之一的人马不能参与主力决战了。
在这个时代，通常一支部队损失超过五分之一时就已经接近崩溃的边缘了，然而更让一众清军将官揪心的是此刻前进不能后退无路，总不见得让