六月三日，因为侯袭爵不配合而再三拖延的清军增援琼州的跨海作战终于在晨曦中开始了。这天清晨，何傅在雷州湾祭旗出发，得到号令的二万清军分乘从商民手中强征来的二百三十余艘大小船只自流沙湾、角尾湾、海安湾、大头港、三吉港分头扬帆南渡，在琼海上演绎出一副千舟竞渡的浩大场景。
事实上，这一天早上在琼州海峡上巡航的郑军水师只有鹿港及澎湖两队的五只福船并台江队的一条双帆艍船，全部兵力不过六百之数，且连日巡航，士伍疲倦，根本无法抵挡清军的浩荡船队，因此清军确实达成了战术上的目的。[]
然而由于在侯袭爵征调船只时虚以应付，各种较好的船型都被调入广东水师之中，所以二万清军所乘的船只有大有小，船速有快有慢，并不齐整，再加上偶尔出现郑军的炮火让一部分渔民转业的水手胆战心惊，因此原本就分散的队伍便愈发显得零落了。
正是利用清军队形散乱，郑军战船居然多有斩获，不但次第击沉了十余艘清军运兵、运粮船，还迫使另外十余艘折返回了大陆。不过，清军毕竟势众，趁着郑军战船为部分同侪吸引，剩余清军纷纷抓住机会急速南行，遂陆续在东起文昌翁田洋面西至临高鱼骨港之间的广大地域陆续登上琼州岛
“清军主力登岛，陆师已经全数开往会同、会乐一线准备决战。”上陆后的清军忙着收拢兵马，而得到消息的郑军也在调兵遣将。“接下来西线就只剩下咱们了。”由于三个师的郑军陆师主力已经北调，因此重担就彻彻底底的压在刚刚成立不久的水师海兵队的身上，不过风期结束前，双方还不会出现大战，但小规模的战斗必然少不了的。“上面命令咱们务必要扼守住崖州城，勿让西线清军得以高歌猛进，致使陆师腹背受敌。”
“潘监军已经把上面的意思都说明白了，但本官以为，第一，崖州城城防并不坚固，不足以坚守，第二，本队兵马不过哨半之数，其中泰半又是疍民新兵，跟来犯清军硬碰硬却是不妥。”田超冲着一众从九品以上的武官布置道