何立德在西班牙驻澎湖商馆的欢迎下踏上了东宁的土地，作为在郑氏统治期间进入东宁的第一位外国传教士，他的到来引起法、西两国人士的极大欢迎，当然信奉清教的英国人和信奉路德宗的丹麦对此却是既嗤之以鼻又满心嫉妒的。不过何立德却婉拒了西、法两国商馆要求其留在澎湖主持教堂的要求，反而向明郑通商司要求进入台湾本土传教。
出于某种不能明言的图谋，郑克臧亲自批准了何立德传教的要求，并建议其在屏东或台北传教。经过权衡，何立德选择了移民人数更多的台北县作为自己的教区。
永历四十一年六月，书面承诺不会违反明郑法律的何立德终于抵达淡水。
后来何立德在他的《福尔摩沙传教纪略》中写道：“当时的淡水只是一个刚刚建设的小镇，人口大约数千，但全部都是异教徒，在这个主的信仰的沙漠里，唯一值得庆幸的是，当地政府对我的到来采取了放任自流的态度，甚至还以一笔相对较小的金额向我出售了一块面积很大的荒地，等我离开台北时，那块土地上已经耸立起圣母大教堂的基座”
事实上何立德能在台北很快立足是因为他在医术上的不俗，特别是他能提供治疗疟疾的特效药品金鸡纳霜，正是鉴于他在医术上的造诣，很缺医生、医士的郑明方面才默许了他以开设医科学校的名义招收少年信徒
不过，在这个时代，泰西的医学还没有完全摆脱基督教的控制，更不要说发展出超过中医的临床医学了，所以对于郑克臧对何立德本人的兴趣远不如对金鸡纳霜的兴趣，更远不如谢思年返航后带来的探险报告。
扫了扫面前肃立的几人，郑克臧不动声色的问道：“关于参军院提议在虾夷地及北方的苦兀岛（注：库页岛）上驻军、设船场的建议，军务司是持什么意见？”
“主上，军务司以为不可，理由有四。”林珩淡淡的回答着。“其一，虾夷地和苦兀岛离本藩万里之遥，补给应变皆都极其不便；其二，本藩已经在金兰、超武堡、西归浦设立了都督府，水师已