永历四十一年六月之后，琼海上的空气便逐渐紧张起来，清军在高雷廉等地的驻军一日复一日的增多，各种船只也趁着夜色由珠江口、碣石湾、南澳岛次第开向博贺港、雷州湾。到了九月上旬，清军在雷琼海峡北侧的驻军已经达到五万，水师船只也超过%%进攻的准备已经接近完成。
不过鉴于约定实施护航任务的葡萄牙船尚未到来，自诩无力跟郑军在海上硬拼的傅魁采取龟缩战术，将广东水师所有船只悉数安顿在以南三岛、东山岛为遮蔽的通明海沿岸，以期籍此躲避郑军可能对其实施的毁灭性打击。
清军退入内海浅滩固然使得郑军主力夹板炮船无法对其进行打击，但清军拱手让出制海权的作法也使得郑军可以轻易的掌握其动向。郑军快速舰队琼州分舰队的通报船甚至一度深入雷州湾对清军沿海各砦抵近侦查，使得清军上下士气沮丧。
好在这种忍气吞声的日子很快就过去了，九月二十一日，三大一小四条葡萄牙武装商船驶入硇洲水道，停泊在东山岛以南海面。得到强助的清军立刻驱使葡萄牙人封闭雷州湾、驱离郑军侦查船。葡萄牙人便出动两艘大船在海口内巡航，其数目重多的炮口的确遏止了郑军通报船的行动，不过葡萄牙人并非一心一意配合清军的行动，因此对于傅魁下达的攻击指令虚以应付，只是将郑军通报船赶出海口了事。郑军虽然不能像之前一样轻易驶入雷州湾，但依旧能在海湾之外游弋，并不妨碍对清军动向的侦查。
对于葡萄牙人的阳奉阴违，傅魁和郎伊达无可奈何，只好派人跟葡萄牙人协商提前进攻。前来雷州湾协助清军登陆的四艘葡萄牙船中除了一艘小型军用盖伦外其余三艘大型克拉克船其实分属于各家船主及商馆所有，其之所以搁置了正常的商业活来到雷州湾正是因为粤省的最后通牒，如今听闻清军有意提前军事行动自然满心欢喜，于是双方约定于九月二十四日清早即实施南下登陆的行动。
九月二十四日，清军在天不亮的时候就登船出海，但是二万余人的登陆船团还是花了近二个时