噶尔丹在征讨喀尔喀得胜之后便引军返回科布多整修，此时他软禁在亦力巴里（注：伊犁）的两个南疆回部苏丹策动叛乱，但在噶尔丹回师之后便被准格尔人所平定。不过叛乱虽然平定了，可占卜的喇嘛却说噶尔丹的两个侄子、前任僧格汗之子索诺木阿拉布坦和策妄阿拉布坦是叛乱的背后主谋者。
由于蒙古人的继承制度，对两个实力不俗的侄子早就心怀忌惮的噶尔丹便顺水推舟的听信了谗言，设计处死了索诺木阿拉布坦。知道叔父已经容不下自己的策妄阿拉布坦率领部属五千余人连夜逃离了科布多，西逃到吐鲁番招兵买马，然后回师占领了准格尔本部，与噶尔丹隔着阿尔泰山形成了对峙。
鉴于失去了来自准格尔本部以及中亚地区众多的财赋和兵源，噶尔丹的处境变得困顿起来，为了重整旗鼓，噶尔丹便决定对喀尔喀蒙古地区再次发动进攻，以从漠北各部劫掠来的牛羊人口维持其部属的继续生存。
康熙二十八年、永历四十二年，西历主诞后一六**年三月，第二次东征的噶尔丹率部抵达色楞格河下游地区。为了从当地的喀尔喀蒙古人手中获得必要的物资，噶尔丹要求当地台吉臣服准格尔帝国，但这就与同样把侵略目光投向此地的沙俄发生了冲突。
此时清廷为了贯彻先北后南的决策，联合一切可以联合的对象，便在与沙俄的谈判中作出让步。康熙二十八年七月二十四日（1689年9月7日），鄂罗斯全权代表费耀多罗?戈洛文伯爵和清廷全权代表领索额图、佟国纲在尼布楚（注：俄罗斯涅尔琴斯克）签定的边界条约，史称《尼布楚条约》。
根据该条约清廷放弃了从元明时期就隶属于中国的黑龙江支流格尔必齐河以北、外兴安岭以北及西段额尔古纳河以北广袤的领土，籍此换取了沙俄政府答应不与准格尔人结盟的承诺，至此，清廷已经做好了与噶尔丹兵戎相见的准备
看着在河口拔地而起的石质砦墙，库乙疾顿时张大了嘴觉有不可思议到了极点，但是海上那些奇怪的船还在飘荡着，这一切