康熙二十九年五月下旬，按照计划重新会师的准格尔军队越过克鲁伦河直扑呼伦贝尔草原，并在六月初沿着贝尔湖东岸抵达喀尔喀河（注：今日中蒙边境接合哈勒哈河），随即于六月十三日进入内蒙古境内的乌珠穆沁地区。
得到噶尔丹越过喀尔喀河的消息，清理藩院尚书阿喇尼在六月六日率部两万余自洮儿河处罚，沿喀尔喀河右岸抵达贝尔湖，但却只发现准格尔人经过的痕迹，于是也沿着喀尔喀河南下，于六月二十一日抵达所岳尔济山（注：今外蒙地区的最东端），在山麓下的的乌尔会河畔遇上了噶尔丹的主力部队。
久经战事的准格尔军一早就备下了便于防守的环形营地，同时为了防止清军的突然袭击，在清军出现的同时，准格尔人已经快速上马，以正面小部队出战吸引清军注意力，主力分为左右两翼包抄夹击清军及附庸的喀尔喀人。
阿喇尼见准格尔人只以小部队出面挑战，便十分大意的派出二百余人的前队应战，结果却被准格尔军干净利落的打垮了，阿喇尼只得又派出第二队迎战，结果又遭到准格尔军的火枪射击，于是再度失利。不得已阿喇尼只好妄图以多打少以优势兵力包围这支精悍的准军先锋，但已经调度完毕的准格尔主力部队从两翼杀出，清军根本经不起准格尔骑兵的冲击，死伤不计其数，只好突围逃生，结果二万军队能最终逃走的十不余一。
乌尔会战役失败的消息传到北京，康熙异常震怒，当即将阿喇尼及兵部满尚书纪尔塔布连降四级，同时连发旨意，从禁旅八旗、盛京将军、内蒙古个札萨克等处调集十万大军组成两路大军，其中左路大军以皇兄裕亲王福全为抚远大将军出古北口，右路以皇弟恭亲王常宁为安北大将军出喜峰口，两路大军都在巴林旗境内待命，等待自己从北京出发亲自指挥。
乌尔会战役之后，噶尔丹为了预防清军可能的援兵，一度向后倒退了五日的行程，并准备见好就收返回科布多营地，但随军的“达*赖喇嘛”使者济隆活佛坚决要求噶尔丹继续南进，于是噶尔丹只好在