虽然三省攻台期间的兵员损失在之后的几年内得到了弥补，但是面对强大的郑军水师，已经在琼州“地产”项目上捞足了钱的粤省方面自然无可奈何，甚至有些甩掉包袱的后快，为此，即便郑军光明正大的打出大明广东布政司的旗号也无动于衷。
不过粤省方面可以漠视大明旗号在一海之隔的琼州飘扬，但闽浙两省却不能对已经把控制区扩大上陆的大明浙江、福建两布政司视若无睹。但是无论地形崎岖的山地，且又毗邻大海，清军根本无法清除郑军的势力，一时间只能拆东墙补西墙调集大军严防死守，但是依旧不能保证杜绝郑军派遣的探谍的渗透。
是乎是对清廷望洋兴叹的嘲笑，大明永历四十五年九月二十六日，洪磊在舟山本岛正式宣布置定海府，新建的定海府辖昌国（舟山）、翁山（岱山）、象山三县，并以原审官司司官、朱成功养女婿、仪宾甘孟煜为定海知府。虽然，新成立的定海府所辖三县拢总只有二千七百余户人家、一万一千余口，但这毕竟是大明浙江布政司下辖的第一个府，象征着郑军已经彻底吹响了反攻的号角，政治上的意义无法估算。
当然，除了政治上的作秀以外，郑克臧又在浙江南部的洞头洋上设立洞头都督府和太平（玉环）县，并将伏波舰队本队及新成立的海龙骧师第七团移驻洞头，籍此作为威慑温台地区的基地。不过考虑到通讯联络的问题，洞头都督府和太平县此时并不属于浙江布政司管辖，而是直接隶属于东宁直辖。
十月初七，接掌闽海巡航任务的镇国舰队在台风间隙派兵重登金门、厦门，郑克臧随即复设思明都督府主掌金厦事务，同时监控海澄、同安一线。鉴于两岛与大陆距离甚近，因此镇国舰队并没有派遣炮船进驻，只是安排了几艘通报船定期巡航，不过两岛都兴建了新式的棱堡作为扼守的据点，海龙骧师第八团以两个步哨并两个炮队进驻两岛，若是清军大举等到，凭借着这样的支撑点足以坚持到郑军大队往援。
十月二十二日，郑克臧授命郑军水陆师重占南澳、铜山两岛