大明永历四十六年十一月十五日，在数万重着汉装的数万福州百姓的观礼下，郑监国完成了一整套祭天、祭祖、祭社稷的流程，随即在由福建总督衙门改建的行宫中登上大明皇帝的御座，成为明王朝第二十位君主，年号武定。
武定帝既然继位，自然要大肆封赏一遍，世子朱慈烯晋位太子、其余二子分别为王，至于其余宗室也分别由升格不提，另外根据郑克臧的保荐，武定帝还第一时间任命了四名内阁大学士、六部尚书、侍郎、都察院左右都御史。[]
其中，浙江督师洪磊出任内阁元辅，是为文华殿大学士、太子少师、新昌伯；福建督师杨英为内阁次辅，是为武英殿大学士、太子少傅、明溪伯；原明郑政事堂左参政柯平为文渊阁大学士、太子少保；原政事堂右参政郑英平为东阁大学士、太子少保。
又以广东督师郑斌出任吏部尚书、浙东巡抚陈绳武出任礼部尚书、政事堂左参议林良瑞兼任户部尚书、政事堂右参议蔡济兼任工部尚书、警察司司官闫刚为刑部左侍郎掌部事、刑狱司官郭楷为刑部右侍郎参赞部事、军务司司官林珩以兵部左侍郎掌部事、军器司司官蔡谦为兵部右侍郎、闽东巡抚吴潜为都察院左都御史、察言司司官蔡汉襄兼任右都御史。
不过阁臣也好、尚书也罢都只是空壳摆设，实际上掌握武定朝实权的还是原来明郑藩下政事堂及各司司官。当然为了适应形势的发展需要，政事堂改名为大都督府参军司，原政事堂左右参政改为大都督府参议、原左右参议改为大都督府咨议参军。至于各司则更名为大都督府某经历司，譬如警察司就改名为大都督府警察经历司。
参军院此时也跟着改名为大都督府参谋厅，林升的总章参军事改为总参谋事，同时与洪拱柱、毛洪言、吴淑三人升任为大都督府佥事，孙有劳和林贤两人的左右同佥参军事也改称左右副总参谋事，参军都承制改为一等参谋、参军承制改为二等参谋、参军事改为三等参谋、行参军事改为四等参谋。由此推而及之，各师、团、哨的总参军、参军长、