远在武昌的郑克臧并不知道巴达维亚发生的一切，因此基于持续威慑日本的目的，他遂于武成四年二月十五日正式下达了对水师的改组命令。
根据这道命令，除长江内河水师、西洋水师珠江舰队、西洋水师金兰舰队湄公河分舰队等内河水师舰队以外的夏军水师按海域分布正式编组为北国、浙海、闽台和西洋四支水师。
负责日本、朝鲜、海东及渤海湾海域巡航任务的北国水师下辖第一巡航舰队、第三巡航舰队、第一信报船舰队、第一军输船舰队和虾夷地分遣队。
其中第一、第三巡航舰队各编有三个标准巡航船分舰队，每个标准巡航船分舰队下辖巡航船四只及信报船两只；第一信报船舰队亦编制有三个标准信报船分舰队，每个信报船标准分舰队下辖信报船四只；第一军输船舰队则编制四个标准军输船分舰队，每个军输船分舰队下辖一万五千料大小的混合样式运输船两只；虾夷地分遣队系由北国水师下属的各舰队抽调舰船组成，负责津轻海峡以北直至苦无岛附近北辽海的巡航任务，另外虾夷地船场建造的舰船也会暂时编入该分遣队进行海试。
除了舰队的部分，北国水师还下辖济县、福江、虾夷地等三个镇守府和龙骧军第四师。
夏军水师镇守府的编制都大同小异，一般都编制一支拥有轻型快帆信报船、老式戎克船、桨帆船及小型快舸、长龙在内各种杂式船只的港口特务舰队以及用于守备炮垒、承担港口防务、维持各舰队缁补的伏波军一部。当然，虾夷地镇守府与虾夷地都护府并非一回事，一个是水师港区管理机构，另一个则是殖民地行政当局，两者不可混淆一谈。
至于龙骧军第四师则主要驻扎在济县西归浦港、福江县有川港、日本对马藩严原港、朝鲜海州港以及北朝鲜的南浦港——北朝鲜的南浦港因为深入敌境，所以仅有不到一团兵马扼守互市商港外的棱堡区；严原港的驻军则是用来震慑当地倭人，给新近接收对马的田川家撑腰的，所以也不过只有半团；有川港方面只来得及规划了驻军营地