《风林高中》很显然是一部浅显的爆米花作品，在主题、内容、结构上都异常夸张，深藏在背后只闻其名的教导主任几乎显然就是**oss。男主角如同无头苍蝇一样在校园里面乱撞，同样是转学来不久就加入了剑道社的青沼智昭成为了他的助手，两个人在校园里面寻找失踪少女的信息，但是不断地遭遇异常情况，校园风纪委员会，学生反抗组织，各种社团之间的对抗等等，故事情节如同天马行空，武术打斗效果奇特，观众们就在惊愕中接受了这样的剧情。
失踪的少女是校长的女儿，校长和他老婆离婚了，他老婆家是著名武术世家，每一代都遗传着天然的武斗家的血脉——对于非常认同血脉遗传的日本来说，这种设定接受起来毫无困难。离婚的夫人想要联系自己的女儿始终联系不上，于是不得不委托私家侦探潜入校园调查自己的女儿的去向。
而从一开始，教导主任暗中放出的风声：《风林高中》隐藏着一本天下至尊的武林秘籍吸引了越来越多的武术世家的子弟进入学校企图寻找这本秘籍，主角佐佐木进入了校园就是这样一个复杂的背景，他所背负的就是这样艰巨的任务。
之前在设定故事的时候，就借鉴了《疾风少年队》的故事背景，沈正辉当时也通过台湾的岩山元向汉堂国际拿到了游戏的改编权，其中部分精髓的故事正好用在了《风林高中》中。于是大家就看到了奇特的搞笑的人物和场景。上国文的如同阿诺施瓦辛格的外国老师，美艳的保健医生等等。
学生在社团研究毒气弹，去学生会查学生资料遇见了反抗学校的学生反抗组织，召唤吸血鬼祖先的罗马利亚美少女，在学校里遇见学生反抗组织和风纪委员会直接开火交战，学校通过广播电台播放毒电波让全学校的学生被催眠丧失掉了理智等等。
最后经过主角佐佐木、青沼智昭和他们在冒险中所认识的朋友们的帮助，他们最终发现了真相。教导主任将吸引来的武术家们抓捕住，研究利用他们的基因，企图研究找出武学传承的秘密，修炼出绝世武功。