巴塔哥尼亚水文状况独特，虽然荒漠广阔但内流区域狭小，内流区仅局限于内格罗河与丘布特河之间狭小地区。其余地区河流因承受山地冰雪融水或冰蚀湖供给而成为过境外流河。但毕竟受干旱气候制约。众多河流中仅有科罗拉多河、内格罗河、丘布特河河水充沛可航运、灌溉、发电。成为巴塔哥尼亚发展农、牧、林各业的河谷平原基地。
整个南美洲湖泊贫乏，但巴塔哥尼亚地区安第斯山脉东麓东侧，冰蚀湖、冰碛湖广布，大大小小共有300多个，构成南美唯一的重要湖群。
水文
两岸为悬崖峭壁的河谷深而宽。从西到东切入台地。这些河谷都是过去从安地斯山流向大西洋的河流的河床，只剩下少数发源于安地斯山的河流尚有常年流水（如科罗拉多河、内格罗〔Negro〕河、丘布特〔Chubut〕河、森格尔〔Senguerr〕河、奇科〔Chico〕河及圣克鲁斯河等）。多数河谷或者有间歇流水－－如发源于安地斯山的科奇（Coig）河和加列戈斯（Gallegos）河，或者为整个或部分河段已完全干涸的干河，如德塞阿多（Deseado）河，由于受风沙的影响，现已面目全非，从表面一点也看不出昔日曾经有河水流过。还有其他河流，如佩尔迪多（Perdido）河，流入浅盐滩和盐塘而中止。峡底很深，大都为冲积粗砂和砾石。具有弥补地表水不足的地下水库的作用。
巴塔哥尼亚台地与巴塔哥尼亚安地斯山脉之间的中间地带是冰河槽或冰斗中的一连串湖泊，这些冰斗被冰碛层或松散而不分层的冰碛物等冰河的其他形成物所阻塞而形成湖泊。纳韦尔瓦皮湖以北，除拉卡尔湖（Lacar）外所有湖水均流入大西洋；而纳韦尔瓦皮湖以南除别德马(Viedma）湖和阿根廷湖外，所有湖水通过深狭谷流入太平洋，这些狭谷是因科迪勒拉自上而下受到侵蚀，沿东西方向被切断形成的。
在巴塔哥尼亚，内格罗河以北的土壤质量最好，特别是由火山岩形成的土壤。向南