不料事出意外，就在咸丰七年三月初一，曾国藩因父丧奉旨丁忧回籍。湘军在杨载福、彭玉麟、胡林翼等统辖、调度下，并未减弱反扑的势头。
就在这年的秋冬，“九月初八日，官军水陆齐举，克湖口县城，破梅家洲贼垒，内湖外江水师始合”，湘军水师“遂与定海镇之红单相接，……肃清江面之势成矣。”
长江流域自此完全为湘军所控制，自然影响到江西全境的形势，所以咸丰帝在曾国藩的奏稿上朱批：“江西军务渐有起色，即楚南亦就肃清，汝可暂守礼庐。”
咸丰帝感到不让曾国藩来过问军事，也可以稳操胜券了。
至曾国藩再度被起用，那是由于浙江战场的吃紧。石达开在咸丰七年五月被迫离开天京，十月由安徽进入江西，咸丰八年三月又由玉山东向浙江，“连陷城邑”。
于是，湖南巡抚骆秉章在五月底向咸丰帝“具疏奏称，现在援浙江各军将领，均前侍郎曾国藩所深知之人，非其同乡，即其｛顶}{点｝小说旧部，着令其统带赴浙，则将士一心，于大局必有所济，咸丰帝同意了。
于是湘军留在江西战场的只剩下曾国荃，此时他正在率军围攻吉安府城。
八月初，吉安城陷，朝廷认为“江西全省肃清”。
实际上并非如此，太平军还在江西战场上艰苦支撑，浴血奋战。直到咸丰九年六月曾国荃与太平军中军主持杨辅清在景德镇决战，太平军失利后退守安徽祈门，太平军主力才算基本上撤出了江西战场。
此时的主战场转移到安徽，开始了以保卫安庆为中心的诸战役，湘军已步步紧逼天京了，这一阶段的战局变幻是与太平天国政局变化紧密相关的。
整整五年多近六年的大战，任是什么繁华胜景也打成废墟一片，当然乡勇队也没起到什么好作用，也在其中参合一手只是没湘军表现得这么大起大落而已。
九江便一直控制在乡勇队大将吴水牛手中，直到吴可当上两江总督之后，这厮才得令率领万余将士赶赴常州汇合