张亮基在刚任云贵总督初期，面对云南的糜烂局势束手无策。，
1861年底，马如龙联合昆阳杨振鹏和新兴田庆余部回民军，再次向昆明进发开始对省城的第三衣围攻。
1862年（同治元年）初，云南府所属各州县大都被回民军占据，昆明成为一座孤城。当时坐镇昆明的云南巡抚徐之铭迫于形势，不得不改变一意主剿的态度，一面准备向回民军发动军事进攻，一面派署提督林自清和署澂江知府岑毓英到回民军中“议和”，用高官厚禄引诱他们投降。
张亮基刚一上任便遇到这样的麻烦，岁面临的形势着实不容乐观，
所幸他身边的总督卫队五千将士，都是由乡勇队帮忙训练战力强悍，不然只怕他连云贵的地面都不敢轻易踏足，这地方实在太过凶险。
而且刚开始吴可新任两广总督，也需要理顺两广事务才好腾出手来帮助盟友，刚开始那段时间只能独立奋战几乎没有外援。
此时回军将领马如龙认为机会难得，立即拜倒在云南巡抚给出的高官厚禄面前，声言“世受皇恩”，“志在报效，历年汉回仇杀，不得已铤而走险，非敢叛逆，今愿率众投诚”。
1862年3月经过一番羞羞答答的讨价还价，回军大将马如龙、马德新、杨振鹏等人正式向云南清军投诚。为了表示对朝廷的“忠顺”，马如龙等亲自到各地说降，胁迫各地将士解散或撤退，各路回军占据的昆明四周的昆阳、新兴、晋宁、呈贡、嵩明、罗次、易门、富民等城拱手献给清军。
他们的输诚行径受到了新任云贵总督张亮基的赏识，在张亮基以及云南巡抚的操作上奏下，朝廷很大方的授予投诚回军大将马如龙“署理总兵”的官职，授予投诚回军将领马德新以“二品伯克”之衔。
张亮基倒也是好运气，刚一上任云贵总督对任事务两眼一摸嘿之迹，便遇到如此好事自然不会轻易错过。
他在中原地区任职期间，吴可的乡勇队和左宗棠的楚军跟随左右，无论是河南还是淮北之地论凶