1906年底到1907年初的这几个月里，赵东云回到关外奉天后就是把主要精力都放在了内部区整顿上，军事上把三师五旅齐装满员，并利用有限的兵力布防东三省，整编巡警部队编成了十二个巡警团近两万人，同时还对东三省境内的大量土匪进行剿杀，为部队增加实战经验的同时也是肃清地方匪患。
政务上，他组建了东三省巡阅使府，裁并了大量行政机构的同时，也顺应时局建立了一批新式行政机构，从而奠定了东三省的现代化军政行政机构，以东三省巡阅使府为首，东三省陆军司令部和政务院并立，再有秘书处充当中枢、督察处充当司法监察，形成了由军方、文官、中枢、司法共同组成的行政体系。
经济上，赵东云组建奉天银行，推出奉天银元以及奉天纸币的同时，也是大力扶持民间金融业，推动传统的票号、钱庄进行现代化银行改革。
而在工商上，除了继续发展葫芦岛工业区外，他还筹办了营口工业区，喊出了打造‘世界级大豆产业基地’的口号，以东北的大量土豆为基础，深入发展大豆加工业，并且把大豆的两个主要加工产品：豆粉、豆油出口到日`本、欧洲，为东三省换取极为宝贵的外汇收入。
除了深入发展大豆产业外，赵东云自然也不会说放弃或者轻视其他产业，比如说纺织业，这个产业过去两年来一直都是东三省重点扶持的产业项目，工商局那边已经是制定了两大目标，一个是重点发展安东地区的生丝产业，安东地区的生丝产业虽然不如南方浙江、江苏这些地区的规模，但是在北方地区也算是勉强过得去了，而且生丝是中国当代少数几种能够大量出口创汇的产品，所以甭管规模大小，先发展了再说，能捞多少外汇就捞多少外汇。
第二个就是重点发展以葫芦岛工业区为核心的棉花纺织业，包括纺纱、织布、染布等一系列的棉花纺织产品，不过棉花产业压力比较大，它们不但要和日`本、英国等洋布竞争外，也要和南方南通土布为代表的南方国产纺织业竞争。
大豆、