理寺收审，其罪当诛。为了保命，承基供出了太子密谋发动政变一事。四月六日，太宗诏废承乾为庶人，幽禁于右领军府；李元昌、侯君集等人被处死。太子被废，魏王李泰再也坐不住了，一个激动就祭出昏招，跑去恐吓李治。眼看着手足相残的一幕又要在唐宫上演，太宗权衡再三，决定罢黜李泰、立晋王李治为太子。不久，李泰被贬为顺阳郡王，九月外放到均州（今湖北省郧县）。
六、七月间，长乐公主突然病倒，久治不愈。这病说来话长……高血压是最常见的心脑血管疾病,常引起心、脑、肾等脏器的并发症；不仅是当今世界最大的流行病之一，也是唐帝室中最大的流行病。唐太宗患有的一种被称之为“风疾”的病症,其症状就表现为高血压。“后素有气疾”、“慈恩与含元殿相直，高宗每天阴，则两手心痛，知文德皇后常苦捧心之病，因缄而差，遂造寺建塔，欲朝坐相向耳。“气疾”类似呼吸系统疾病，“捧心之苦”似指心脏疾病，两者都是典型的高血压并发症。也就是说长孙皇后同样患有高血压，偏偏高血压是家族性遗传病的一种。这就要命了，他们的儿女都带有此种遗传基因。病症的特点是发病早、病程演进快，重症死亡率极高。
长乐公主是嫡出子女中第一个被遗传病夺去生命的人。太宗曾说：“朕有气疾，暑辄顿剧。”可见患者受不了酷热。时值盛夏，公主的病势日益加重，就像她的母亲一样也没能撑过那个夏天。八月十日，公主便溘然长逝，是年二十三岁。她的婚姻生活刚迈进第十个年头，可这对少年夫妻却没能等到老来相伴的一天。
经历了数番打击的李世民，面对爱女的离世，再也无法控制住自己的情绪，“皇帝悼深夭蕙，怀三号而犹感。”（太宗痛惜女儿青年病亡，多次痛哭后仍然感到哀思难以抑制，悲伤不能自已。）
九月七日，承乾被免死流放到边远的黔州（今重庆市彭水县）。尽管史书上说对承乾的处理太宗是听从了来济“上不失慈父，下得尽天年”的建议，可我比较相信让儿子“得尽天年”是太