新的进步和发展，达到了传统农业的顶峰。一些农书总结道，“用地”必须与“养地”相结合，施肥是增产的重要保障，因此要“惜粪如惜金”、“积地莫如积粪”。制肥、积肥的方法增多，肥料种类扩大，除人畜粪肥、绿肥及一切浸渍废物、河泥积尘等外，由于农产品加工业的发展，其副产品各种肥饼和酒糟、糖渣、豆渣、油渣等成了优质肥料，尤其在江南被广泛使用。除麻饼等外，豆饼、棉饼等的使用都始于明代。广泛使用多种无机肥是又一特点，明后期已开始把硫磺、砒霜、黑矾、卤水及螺蚬壳灰、蚌蛤蚝灰等用作肥料。农学家徐光启创造了一种由植物性有机肥料与动物性无机肥料、动物性有机肥料混合炮制的合成种肥——“粪丹”，“每一斗可当大粪十石”，是肥料史上的一大发明[29]。宋应星、徐光启介绍的用骨灰蘸秧根，即磷肥在酸性土壤中的施用[30]，也具开创性，早于欧洲用兽骨作肥料的历史。在施肥方法上更注意针对性，讲究宜时、宜土、宜物，不同季节、不同土壤、不同作物，所施肥料亦不同。根外追肥(“接力”)，看地施肥，看苗施肥，都是明后期的新发展[31]。
3、栽培技术的进步
我国是世界粮食和蔬果栽培植物起源中心之一。明代后期作物栽培和管理技术比以往有了较大提高。在药用植物性状研究的基础上，对栽培作物性状的研究也开始有了进展。王象晋在《群芳谱》中考察了大麦、小麦、玉米、甘薯等作物的性状，开栽培作物特征研究的先河。对水稻密植的认识和实践已经达到相当成熟的程度，农史专家据《沈氏农书》等农书提供的资料估算，明末浙西太湖地区水稻栽插密度甚至超过“解放以前和解放初期”[32]。北方北直灵寿县试验的“亲田法”，高度密植种粟，其密度也高出现在的水平[33]。徐光启在《农政全书》中对棉花栽培技术作了系统总结，即精拣核、早下种、深根、短干、稀科、肥壅，这是植棉技术史上的巨大贡献[34]。在我国粮食作物中，甘薯最早应用无性繁殖，将无性繁殖技