水堤岸、安陆州渲马滩堤岸、京山景陵圩岸、石首临江万石堤、广济武家穴江岸、监利车水堤；南直隶西部地区(今属安徽)安庆府潜山怀宁陂堰、和州含山崇义堰、宁国府宣城圩堰、太平府芜湖圩岸、凤阳府安丰塘等皆为永乐年间或新建，或修复。在北直隶，顺天、保定、真定、河间、大名、广平、顺德、永平诸府也都有不少水利工程。
水利设施可以较长时间发挥功能，明前期的水利建设为后期奠定了良好基础。明后期，水利虽受政治腐败的不利影响，但仍有发展。嘉靖初年，对北直隶卢沟河、琉璃河、胡良河、白沟河、沙河、唐河、滹沱河等河流及白洋淀进行竣疏。隆庆年间，开通湖广竹筒河。江南巡抚海瑞疏通吴淞江、白茆河。万历二年，修筑湖广荆州采穴、承天、泗港、谢家港诸决堤口，复筑荆州、岳州等府及松滋诸县老垸堤。六年，吴淞江中段疏浚工程完成。万历中期，特设苏松水利副使，督率治理太湖地区水利，先后“浚吴淞八十余里，筑塘九十’余处，开新河百二十三道，浚内河百三十九道，筑上海李家洪、老鸦嘴海岸十八里”。万历年间，还在京畿地区设坝、建闸、引流、通渠、筑堤，开垦水田，种植水稻[37]。
黄河、淮河历来多害。明代国家治黄、淮多与疏浚南北大运河、保障漕运相结合。永乐九年，命工部尚书宋礼征调民夫30万人，蠲免租赋110万石，修浚会通河，全长450里；同时征发民丁10万，修浚黄河故道，南人于淮，与会通河相汇，于是南北漕运畅通[38]。以后黄、淮屡屡改道决口，朝廷不断兴工修治。成化年间特设河道总理，专负黄淮等河的治理。
明后期，也兴办了一些较大的治河工程。嘉靖四十五年，工部尚书兼理河漕朱衡督率民夫开新河鱼台至留城140余里，浚旧河自留城抵境山、茶城50余里。又筑马家桥堤3．5万余丈，石堤30里。隆庆四年，潘季驯为河道总理，征用民夫5万人，堵塞决口11处，筑缕堤3万余丈。六年，治理徐、邳水患，修筑自徐州至宿迁长堤370里