德川家光听闻岛屿之乱，心中大为震惊。
德川家光震惊的并不仅仅是农民起义，而是担心天主教起义。可能有外国势力干涉。从丰成秀吉时代，日本便有一股被西班牙之类的西方国家殖民的担忧。这种担忧，使得日本做出了禁止天主教的决心。
幕府认为，西方人的殖民一般都是策动当地天主教徒造反，然后外国势力与造反的天主教徒里应外合，便可以建立殖民地。只要日本境内不存在天主教。那么，西方人再强大，也不能轻易将日本变成殖民地。
德川家光沉声对着心腹武将板仓重昌说道：“板仓，你父亲曾辅佐我祖父，建立德川幕府。这次。派你去镇压那些乱贼，希望你不要辜负我的希望。也不要玷污你父亲的英名！”
板仓重昌点头道：“将军大人放心！重昌一定不负所托！”
板仓重昌身为德川幕府早期的家臣板仓胜重次子，板仓胜重能文能武，辅佐过德川家康打江山，最终，被幕府赐予了领地，从普通的臣子变成了大名。这可是非常厚重的赏赐，须知这等于是从幕府直辖的天领中，割出一部分，作为板仓家族的领地。当然，这也换取了板仓家族，世代效忠。日本人迷信将门血统，认为老子英雄儿好汉。既然板仓重昌流淌着名将的血脉，必是能够获得胜利。
幕府对于对于天主教徒的战斗力还是太过于轻视，仅派“名将”板仓重昌作为幕府的全权特使，到前线去指挥藩地军队作战，暂时并未调遣全国兵马去围剿。
11月6日，板仓重昌在500名家族精锐武士护送下，前往九州。在长崎港上岸不久，板仓重昌便拿着幕府的印信，让当地的外样大名——松仓胜家、锅岛胜茂、有马丰氏前来听他命令。
虽然，松仓胜家、锅岛胜茂、有马丰三名藩主，力陈天草军由于宗教思想洗脑，悍不畏死，凭着藩地军队很难取得胜利。
但是，板仓重昌大声道：“住口！你们这些懦夫，居然被区区的一揆（农民）们吓得失去勇气，你们真的辜负了将军的希望，不配称为