?今天，鹿目圆和好友美树沙耶香一起来看望上条恭介。上条恭介是个优秀的小提琴学者，在很多比赛上拿过大奖。由于技艺出众，得到了很多媒体和专家的褒奖。
可是，天有不测风云。在一次意外中，上条恭介的右手落下残疾，至今仍在医院治疗。很多人都悲观的认为，这位优秀的种子选手可能这辈子都与小提琴无缘了。
美树沙耶香是上条恭介的青梅竹马，两人关系不错。她经常去看望上条恭介，给上条恭介带去祝福和温暖，鼓励上条恭介不要放弃信心和希望。
不巧的是，上条恭介今天没有在病房休息，好像在做康复训练。所以沙耶香没能见到他，也没有提前接到上条恭介的消息。
这两个女孩是初中生，都在一个班学习，她们的生活非常平凡。在偌大的见泷原市里，这样平凡而又普通的身影太多，多的让人提不起精神去注意她们。
然而在某一天，她们普通的生活被打破了。一只白色的可爱的不明物种闯进了她们的生活，这只可爱的小家伙满身血迹，伤痕累累，正在被人追杀。鹿目圆和美树沙耶香就下了这只动物，认识了高年级的学姐巴麻美。
这只名为“丘比”的动物说，只要能和它签订契约，成为和巴麻美一样的魔法少女，它就可以实现任何一个愿望。
少女们有些犹豫，到了今天仍然没有拿出自己想要的愿望。
目前，巴麻美让她们和自己一起退治魔女，体验一下魔法少女的战斗和生活。
走出医院的少女们发现在一面墙壁上有一只即将孵化的“悲叹之种”。
少女们感到害怕，巴麻美并不在这里。如果她们不及时离开的话，很可能就会被魔女结界吞噬。不是魔法少女的她们所面临的下场只有死路一条。
想起上条恭介也住在这个医院，美树沙耶香没法坐视不理。在丘比的建议下，她决定带着丘比进入结界，让小圆去找学姐支援。因为学姐是魔法少女，她能感应到丘比发出的位置信号。
虽然沙耶