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相比起淡水的容易，鹿港就是一场实打实的“硬”仗。苦于义军势大，台湾兵道永福及台澎镇总兵柴大纪已经将可以调集的清军二千余人全部集结至府城，至于鹿港则只留下了千总陈邦光统领的百余人。但从实际情况看来，鹿港的防守实力较之府城丝毫不见逊色。原因就在于泉州籍民军的出现。
台湾移民主要来自两个地方——广东和福建，其中附件籍百姓占多数。可一省来的移民中也有个三六九等，以漳州、泉州为最，这两地方的人最多。这人一多，纠纷也就来了，百多年来的积累下，三天三夜也说不完，反正漳泉两地族群之间的仇恨有很多，百姓是互相仇视。
就在林爽文起事之前，漳州和泉洲人才发生了万人规模的械斗事件，两大族群恩怨已深。这次林爽文攻陷彰化县城，漳州人多有响应，但是泉州人却感到不安，怕被漳州人欺负或杀害，纷纷离开彰化逃至鹿港。
义军没有干涉，私下里林爽文、杨衮等人还欣喜不已。这段日子他们最怕的就是百姓纷乱，族群发生内斗，如今泉州籍的百姓走了也好，虽然失去了一部分民众的支持，可仅凭将军府的一纸公告是消除不了双方的仇恨的。现在走了也好，反正也饿不死他们，鹿港是全台离大陆最近的地方，现在又发生了这事，清廷肯定会调拨粮食前来的。实际行动是最好的证明，只要好好对待控制区的泉州籍百姓，一视同仁，早晚可以消除对方的顾虑的。
此次杨衮率五千义军兵临城下，这让泉州籍百姓很害怕，泉州人林凑，黄邦，许伯达，欧立淑，施捷世，陈光荫，陈大用，陈天爵等30多人带头反抗义军，他们带领一千人多人，号称数万，又招募粤人协助，共推千总陈邦光和把总帅挺为主将。并有北庄广东监生李安善、鹿仔草武举人陈宗器、双溪口武举人黄奠邦各率民团相助，算一下鹿港民军不下两千人。
这一仗打下来义军损伤必然很多，可杨衮不得不打，鹿港、盐水港两地乃清军之粮道。义军围府城而不打，却不愿平白放粮进去，盐