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正当刘德化与郑芝龙讨价还价的时候，郑家船队残余船只被旅顺军打得作鸟兽散，海面上除了旅顺军和已投降的荷兰船只外，只剩下一望不到边的木屑碎片、尸体、垃圾以及正在挣扎着泅水逃生的落水人员。.
“留下三十艘船在此海面打捞落水人员，其余船只去收复台湾！”既然有刘德化在与郑芝龙谈判，朱明也不想闲着，命令押住荷兰人登陆台湾。
荷兰人此时还在目瞪口呆中，他们还以为郑芝龙的一千五百多艘船只怎么都能撑上一天半天，他们便好趁机逃脱，谁知不过吃顿饭的功夫，郑芝龙的旗舰便被击沉，郑家船队损失了一小半，这样神速的时间，荷兰人自问自己在此海面上的舰队再增加十倍，也未必做得到这个程度。
朱明派来的人员登上荷兰船只，命令他们除了留下一部分水手协助操纵船只外，其余人则立即集中起来转移到旅顺军的船上。
“我们这要去哪里？”一些荷兰水手长期生活在澳门广州一带，是懂得一些中文的，好奇地问上来接受船只的旅顺军船员。
“别那么多废话，叫你们干什么就干什么！航向目标对准台湾！”
“啊，台湾？福萨摩？”
朱明早已让人化妆成商人调查清楚，荷军的主要据点是台湾城、赤嵌城。要取此两城，必先夺取两城之间的一个内港台江。从外海进入台江有两条航路：一条是大员港，叫南航道。在北线尾与一鲲身之间；一条是北航道，在北线尾与鹿耳门屿之间，即著名的鹿耳门航道。南航道口宽水深。船容易驶入，但港口有敌舰防守，陆上有重炮瞰制。北航道水浅道窄，只能通过小舟，大船必须在涨潮时才能通过。该地的潮汛规律，即每月初一、十六两日大潮时，水位要比平时高五六尺。大小船只均可驶入。
与郑芝龙的海战第二天，恰好是阴历十一月十六日，正是潮水高涨的日子。旅顺军舰队经过一天的航行，已到了台江外海。
首先是北线尾的荷军士兵看到己方的三艘小型船只伤痕