朱由检认为：跑的够快，耐力够久，也是一项基本技能。跑的够快，耐力够久，追赶敌军的时候能够追的上。跑步也能改善体质。
此时，朱由检见到众人每天从早跑到晚，多数都能坚持下来，开始训练队列，秩序。
鉴于嘉靖帝被宫女勒脖子事件，朱由检为了安全，亲自挑选了认为信得过的功勋之后保护自己。同时自己也加强练武，与功勋子弟同吃同住，一副军营里的生活。
朱由检想起了一些史料，严重怀疑建州叛徒太多，决定派遣锦衣卫和东厂大力去辽东巡查叛徒。
天聪元年正月初日，“命贝勒阿敏、济尔哈郎台吉、阿济格台吉、杜度台吉、岳托台吉及硕托台吉，率大军往征驻朝鲜明将毛文龙。出自《满文老档》天聪元年正月至二月。
皇太极去征毛文龙。却有徐敷奏蛊惑很多人往西逃跑导致毛文龙的实力减弱。
《明熹宗实录》里的记载是：
天启七年四月壬寅(六日)
兵科都给事中许可徵言：
江东危迫，毛文龙差都司毛文显领兵一千以救宣州。
永显阴约民船载家眷兵丁西逃，被旅顺参将张继善拏获。
石城岛游击高万重倡言鉄山云从胥失，因席卷岛中货物子女夺冻船为粮航海窜归河西。
又都司马承勋、李矿、郑继魁等皆西逃，俱徐敷奏倡言摇惑所致也。
朱由检心想，须得派锦衣卫和东厂大力清理叛徒才行，不然总有叛徒扯后腿，能赢才怪。
朱由检有一种深深的无力感，此时的大明像一个到处漏风的破房子，稍不注意，就是墙倒屋塌。
朱由检叫来王承恩和许显纯，让他们带领一些锦衣卫和东厂番子去严查辽东的叛徒问题。并且要求务必保护好毛文龙的安全。朱由检知道，原时空毛文龙被袁崇焕杀了之后，皮岛众人牵制后金的力量也就逐渐分崩离析了。
朱由检打算训练完了这些功勋子弟之后，再招一些饥民进行训练。等待训练的差不多