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朱常洛憋屈极了，他异常的痛恨这个婴儿的身体，现在除了“哇”哭两声抗议之外，没有任何办法，只能坐视事态向着他最不愿意看到的方向发展。
慈圣皇太后开始出招了，当她知道了此时内阁中仅有的两个阁臣张四维和申时行不再那么听话后，并没有惊慌，而是从容的开始布局。
她先是通过冯宝联络外臣，绕过内阁，廷推了原兵部尚书梁梦龙为新的吏部尚书，以代替被万历皇帝罢免的王国光；接着召回总督蓟州、辽东军务的吴兑为兵部尚书，填补了梁梦龙留下来的空缺，牢牢的控制住了这两个除了内阁外最重要的部院；紧接着旧事重提，还是采用廷推的方式让张居正死前推荐的余有丁顺利进入内阁，成为了如今内阁的第三位阁臣。
这些大动作过后，慈圣皇太后并没有罢手，而是又把手伸进了京营。她把一向中立的协理京营戎政王遴调往南京任工部尚书，然后让兵部右侍郎贾应元转任协理京营戎政，企图控制京营。
明朝军队分为京军和地方军两大部分。京军为全国卫军的精锐，平时宿卫京师，战时为征战的主力。洪武初年，京军有四十八卫。成祖迁都北京，京师接近前线，京军多达七十二卫，并正式成立了五军、三千、神机三大营，合称京营。平时，五军营习营阵，三千营主巡哨，神机营掌火器，战时扈驾随征。
土木之变后，京营主力损耗殆尽。景泰帝时，兵部尚书于谦对京营编制进行改革，于三大营中选精锐十万，分十营团练，以备紧急调用，称十团营。后又经过数度变革后，嘉靖帝时，恢复永乐时三大营旧制，不同的是三千营改名神枢营。
由此，京营框架正是确立下来，下辖五军、神枢、神机三大营，额定兵员十四万人。以大将一员为统帅，称总督京营戎政；以文臣一员辅佐，称协理京营戎政。
总督京营戎政历来有勋贵担任，名为京营统帅，实则处处受到限制。上有兵部制约，下有副将、参将、游击分权，战时还有监军掣肘