京师已经恢复了往日的平静，大局已定。
万历皇帝采纳御史孙继先的奏请，下旨恢复了之前在张居正当政时上疏谏言而遭罢斥的各大臣官职。
同时，御史江东之弹劾吏部尚书梁梦龙、工部尚书曾省吾、侍郎王篆等因贿赂冯宝、徐爵而得此官职。万历帝当即下旨，罢斥王篆为民，令梁梦龙、曾省吾致仕，召回南京户部尚书杨巍为工部尚书，改命刑部尚书严清为吏部尚书，并批复了判处徐爵、游七等人死罪的奏请。
万历十一年，刚过完元旦没几天，万历皇帝便下诏召回南京兵部尚书潘季驯接任京师刑部尚书。
二月，协理京营戎政贾应元被羁押审问，五月被革职为民。
三月，下诏追夺了张居正的官阶，兵部尚书吴兑因被弹劾依附张居正、贿赂冯宝而被罢免。
七月，左都御史陈炌被科道言官弹劾，遭到罢免。
十月，在张居正死后为了自保而联姻申时行的礼部尚书徐学谟，这最后一个属于“后党”的尚书级大员，再次遭到了科道言官的弹劾。这次吏科给事中邹元标等人弹劾他“勾结张居正、阿附申时行”，此时由于张四维丁忧回家而暂代首辅的申时行为了避嫌，不敢再袒护徐学谟，万历帝令徐学谟致仕。
至此，张居正时代依附他的所有“后党”大员，或被勒令致仕，或被罢斥为民，曾风光十多年的“后党”已不复存在，就连慈圣皇太后也开始专心事佛，轻易不再踏出慈宁宫半步。