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丹阳郡，秣陵城。
丹阳初定，除了整顿军队以外，一系列内政工作的开展更是当务之急，周瑜急调袁涣、张承、张范等得力部下自庐江来到丹阳，迅速地将赈济灾民、丈量土地、修建水利工程、招募流民屯田、开设招贤馆、读书院等工作布置了下去。袁涣等人尽心尽力地开展工作，又任用了原先吴景手下的一些清廉能干的官吏，一时间，丹阳郡的面貌焕然一新。
同时，周瑜还通过周尚宣布，今年丹阳郡的税赋全部减免一半，明年税赋减免两成，这个消息一经公布，立刻引起了轰动，百姓们奔走相告，相互传递着喜悦之情，甚至还有的百姓去庙里烧香拜佛，祈祷周瑜的身家平安。周瑜在庐江百姓中的声望大为升高，可谓是声名鹊起，其声名早就超过了原丹阳太守吴景。
周瑜又派人到山中寻找到了吴景的尸首，厚葬于紫金山上，妥善安置了吴景的家属，每月定期拨些粮食、钱物，让吴景的家人过上了安生的日子。这让丹阳郡里那些世家大族、官宦人家对周瑜的印象大为改观，也同意其弟子参与到了官府的工作之中，客观上加强了丹阳郡政府的领导能力，在执政初期便。
在忙于内政事务的同时，整顿军备的事情也在紧锣密鼓地开展着。经过周瑜与陈宫及众将领的商讨，结合新募集的两万人马、俘虏的一万五千人马，对所属的各部曲进行了扩军。调整之后，周瑜所部的情况如下：
陷阵营由五千人扩充到一万人，主将高顺，副将董袭。屯兵于黟县，防范豫章郡刘繇和朱皓的人马。
锦帆军由六千人扩充到一万人，主将甘宁，副将蒋钦、丁奉。驻扎在秣陵城北的北湖，日夜训练水军。
新成立的辎重营由三千人扩充到四千人，主将陈武。驻扎在牛渚要塞。
为应对江东一带山脉众多的地形，飞龙军由三千人扩充到八千人，主将周泰。驻扎在泾县，以防范山越人的暴乱。
斥候营由两千人扩充到三千人，主将臧霸。
飓风营因为