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海军的情况就相对简单许多。内河舰队属于守备军，各海军舰队则属于常备军，内河舰队主要有长江第一、二、三舰队，各自负责武昌以西、安庆至武昌、镇江至安庆的防务，镇江以东江面则由驻崇明岛的海军第一海防舰队负责；黄河第一、第二舰队，各自负责东京以西和东京至淮安清江的河防，清江以东防务由驻海宁的海军第二海防舰队负责，此外还有海河河防舰队、辽河河防舰队，而渤海湾的防务则由驻金州的海军第三海防舰队负责。^^ **
海军还将编制成四个舰队，驻舟山昌国的第一舰队，负责北至耽罗岛，东至琉球，南至台湾海面的海防和制海权；驻威海的第二舰队，负责北至骨廆岛主簿、主事、佥事有权调动当地平级的巡防营，如县内政局主簿可以调动当地的巡防队，府内政局主事可以调动该府的巡防营，省内政厅佥事则可以调动该省巡防司下辖的所有巡防营。
法务部被分出很大一部分权力后，它的主要职责没有变，依然负责保障律法的施行，维护官府的律法利益和保障律法对所有百姓的权益，依然下属典狱司、民权司、法务司和调查局；依然对监狱、特赦、假释、司法宣传等管理工作，调查局依然是通过调查违反刑事律法和重大案件的行为来维护律法，保护我朝免受敌对势力奸细破坏活动的威胁，在律法允许的范围内为中枢、各省、府、县官府提供执法帮助；依然承担国家“法人代表”的职责，而民权司则多了一项权力，对内政部这个强力执法部门的行为进行监督。
另外一个负责监管内政部行为的机构则是都察御史官署，按照刘浩然提出的新规定，内政部门只能依法拘留百姓三十六个时辰，要想正式逮捕起诉，必须经过地方都察御史的批准，刑事案件也必须经过拥有国家公诉权的都察御史才能向按察司提起诉讼。而都察御史除此之外，有权阻止内政部门任何一项违反律法的行动。