师来到中国，他们传下了密宗的教门。宋末元初，由蒙古人带入西藏的密教，经过和当地喇嘛教的融会后形成了藏密。明朝永乐时期，朝廷认为密宗过于怪异，便下令废逐，故杂密在中原势渐衰微，而晚唐时期由空海大师代到日本的东密真言宗却得到了广泛传播。密宗视毗卢遮那（即大日如来，著名的镰仓大佛就是毗卢遮那）为最高统帅和创教之主，极力推崇传承、真言和密咒。而它的另一大特点就是密宗认为人的身体有许多奥秘和潜能，只要通过密宗法门的不懈努力就能使修行者发挥全部潜力，让身体与宇宙沟通达到天人和一的境界，这和忍者追求的极限体术不谋而合。
“三密加持”是密宗修行的一个重要组成部分。包括身密——手结印契，语密——口颂真言和意密——心观尊佛。
身密的主要修行就是“结手印”。简单的说就是通过两手十指相互交叉结成不同的形状，并配合想象意念形成的修法。密宗手印的种类可谓数以千记，每种都有特殊的含义和作用，例如：吉祥印、金刚大惠印、大轮坛印、摧伏诸魔印、宝冠持宝印、光焰火界印、缚思等仙印、准九头龙印等等，虽然有些手印名字相同，但其结出的形状却大相径庭。像金刚甲胄印就是趋魔护体的一种（如是当以明印想成甲胄，擐于自身遍起光焰，恶心魔类四散驰走）。忍者九印依次为：独占印、大金钢轮印、外狮子印、内狮子印、外缚印、内缚印、知券印、日轮印和隐形印。
对东密而言，透过人体两手十个指头，配上心理想象的意念，契合某一修法，互相结成各个不同的“手印”，便可产生加持修学密法者的效力。密宗理论认为双手十指对外与法界佛性相通，对内与五脏六腑相通，所以修习密法时，结成“手印”，便可与法界中已经成就的请佛菩萨的身密互相感召，增加速成效果，自身也如同获得了佛的神通。除了结手印以外身密还有各种坐势，它和手印一样种类繁多且各具意义，全跏趺坐中的“吉祥坐”与“降魔坐”是忍者常练习的两种。忍者平时经常要配合忍者五道（以后章