张济、樊稠，用谋士贾诩（字文和）之计，打着为董卓报仇的旗号，复聚西凉大军十余万，杀死了王允，赶跑了吕布，占领了长安。如今汉室威望已荡然无存，百官失散大半。李、郭二人保奏贩夫、走卒、巫医、乐工百余人，尽为尚书、侍中、校尉、御史等高官，官印刻之不及，即以土块代之，上用铁锥划道，全然不成体统。
此时又有青、兖二州又闹黄巾，复聚众数十万，攻打郡县。青州牧田楷、兖州牧刘岱讨贼不利，反为乱民所杀害。兖州从事陈宫（字公台）联络兖州各郡守，劝其共推曹操为主，曹操闻之大悦，待陈宫日渐亲善。朝廷也顺水推舟，任命曹操为镇东将军，代领兖州牧，讨伐兖州黄巾军；命袁绍讨伐青州的黄巾军。其余各地的诸候各守边界，勿使黄巾军辗转连合。
曹操接到朝廷的圣旨，随即出兵与兖州黄巾军交战，初战不利，曹军大败，连曹操的好友，济北相鲍信也死于乱军中。曹操重金求募其尸不得，以木雕下葬，收养其子平阳鲍勋（字叔业），恩若已出。曹操看到自己手下的官军未经战阵，军纪涣散，难以对敌。遂改变了战略布署，改以招降为主。先派大军用计将黄巾军围困，然后派人招降。兖州黄巾军投降后，曹操择其精锐青壮，组成部队，号为“兖州兵”。曹操一生与黄巾军结下了不解之缘：他先靠剿黄巾起家，被朝廷拜为骑都尉，然后历任郡守、牧之职，然后收编黄巾军青壮，做为自己的主力，靠此平定天下。后来，连儿子称帝用的年号都是“黄初”（与张角的口号“苍天已死，黄天当立”差不多）。
却说荀彧和郭嘉离开袁绍后，郭嘉回到家乡颖川过起了隐居的生活，而荀彧投到了曹操的帐下，得到曹操的重用。他举荐了戏志才为曹操的军师；又写信，把因躲避战乱而逃到荆州的大侄子荀攸（字公达，乃荀彧的族侄，比荀彧大六岁）叫来，推荐给曹操；还举荐了东阿人程昱（字仲德）、山阳昌邑人满宠（字伯宁），曹操皆聘为从事。程昱又举荐了淮南成德人刘晔（字子扬）；满宠举荐了武城人吕虔（字子恪），