将那倔强的郑秀研安顿好，郑成功终于静下心来思考体制的问题。
随着郑成功大力向海外扩张，提倡海上贸易，组建工厂制造，治下慢慢由封建小农经济向大量强占殖民地土地，以农奴的劳役经营商品生产性的大庄园，初级资本主义经济发展。
经济基础决定上层结构！
封建经济基础开始瓦解，在此基础上建立的封建****主义中央集权的上层结构下的三省六部制越来越不适应经济的发展了。
为了适应经济基础，提升工作效率，郑成功决定改制大明的内阁六部制。
大明内阁六部制中吏部：又称天官，掌管全国文职官吏的任免、考课、升降、调动、封勋等事务；
户部：又称地官，掌管全国土地、户籍、赋税、货币、官员俸禄、财政收支等事务；
礼部：又称春官，掌管国家的典章制度、祭礼、学校、科举和外事活动等；
兵部：又称夏官，掌管全国武官选用和兵籍、军械、军令、驿站等事务；
刑部：又称秋官，掌管国家的法律、刑狱等事务；
工部：又称冬官，掌管各项工程、工匠、屯田、水利、交通等政令。
内阁一开始是皇帝咨政机构，此后权力逐渐增大，后形成为明朝行政中枢，位于六部尚书之上。
然而，虽然首席内阁大学士（或称内阁首辅）有票拟的权力，但却不得不依赖于内部太监送达批红，这种内廷、外廷相互制约，时常造成了内外两大政治势力的争权夺利，以致明代成了宦官为祸最烈的朝代。
郑成功多方思考，以及参考中外历史，决定改良内阁六部职责。
首先是细化六部的职责，吏部分化为组织部、人力资源部；
户部分化为财政部、民政部、农业部、工商管理部；
礼部分化为外交部、教育文化部、卫生部；
兵部分化为国防部；
刑部分化为司法部、公安部；
工部分化为工程建设