千年兽的事情暂告一段落，陆峰开始考虑要不要把基地的重心转到钢铁之岛来，因为很明显，数码世界belldandy层就要遭遇一次人类与数码兽的大规模冲突，而且今后还会被基路比兽和六翅兽拆一遍，实在太危险了。<>
d层或许更加安全。但权衡再三后，陆峰放弃了这个想法。他的朋友、声名、地位都在belldandy层，这就已经决定了他的主要精力将放在这里。而u2s
d层只能是作为狡兔三窟的后备。
和上次一样，u
d层的异变并没有引起人类世界的注意。日本政府的两派则在激烈斗争当中。解散dats后，羽柴长官已经任命仓田明宏负责数码兽相关事件的负责人。尽管萨摩廉太郎想机密省申诉，据理力争，也无济于事。因为他们本来就是个民间科学家组织，还是个不太听话的组织。而对于机密省来说，像警察一样收拾残局哪里比得上入侵新世界来得功劳大，有所偏向性，理所当然。
而藤枝淑乃的回归带来了人类在屠杀数码兽的消息，大门大他们这才明白为什么墨丘利兽那些数码兽会对人类的态度那么恶劣，对墨丘利兽带走比丘兽的怨恨减轻了许多。
但是紧随着藤枝淑乃的就是神志不清正在茫然找寻大门知香的亚古拉兽，把大门大打蒙了，也是这一次引出了亚古兽s进化为完全体的契机。
在此之后，数码特搜队的队员们意见发生了分歧，萨摩廉太郎、大门大都对人类屠杀数码兽表示了质疑，而藤枝淑乃则坚信。
“这其中会不会有什么误会？也不然我们两边都求证一下。”白川惠的提议缓和了气氛。托马也认为这是个不错的主意。
“我去暗中调查那个羽柴！”藤枝淑乃首先道。
“那我就去问一问那个墨丘利兽！”大门大捏了捏拳头。
“那么就由大、托马前往数码世界向墨丘利兽求证；淑乃和小惠、美树去向机密省询问！”萨摩廉太郎做出了最后决定。