???就在大家准备庆祝忠勇军大败鞑子这一战绩的时候，一个个不利消息传来，听得令人目惊口呆。
在审问俘虏过程中大家获悉隆武帝被李成栋杀害，万历孙子朱由榔与隆武帝弟弟相继称帝。
事情原委是这样，在郑芝龙支持下隆武帝朱聿键在福建称帝，但隆武帝与郑芝龙各有自己的打算，到最后竟然到了分道扬镳的地步。
隆武帝朱聿键是南明最具开拓精神的皇帝，在称帝之后他积极进取，希冀能够开疆拓土恢复大明江山。但郑芝龙只是希望依靠朱聿键的政治影响力达到控制福建，广东等南方地盘，当一个土皇帝而已。
在内阁排名的时候，郑芝龙认为自己拥立朱聿键为帝希望能够当首辅，但朱聿键则心仪辅臣黄道周，依靠皇帝权威强行任命黄道周为首辅。
在那以后郑芝龙对隆武帝朱聿键的各种政策极为不配合，要人没人要钱没钱，如此隆武帝行为受到诸多限制。
为了摆脱郑芝龙的限制，隆武帝朱聿键曾经想亲征，但被郑芝龙发动民意而挡回去，在这种情况下，朱聿键听从黄道周建议，由黄道周在外面募兵北伐，而自己则坐镇大后方。
但读书与打仗则完全两回事，黄道周刚刚领军没有走多远就被蛮清射杀，一代大儒就这样悲壮测战死。
看到黄道周战死之后，隆武帝摆脱郑芝龙的纠缠，率领数千兵马北伐，其时江西巡抚刚刚恢复赣州，而赣州地处广东、福建、湖南交界之处，若能到达赣州，指挥三省兵力北伐，光复江西，继而光复江南之地是可以预期的。
但郑芝龙则想成为福建、广东两省的土霸王，暗地里与蛮清媾和，蛮清趁机经过仙霞岭，李成栋一马当先，在隆武二年8月（公元1646年）于福建汀州被蛮清射杀，南明最具开拓精神的皇帝就这样无缘无故的被蛮清杀害。
听到隆武帝被杀的消息后，在广西巡抚瞿式耜扶持下，永历帝在这年（隆武二年）十月初十，肇庆监国，以丁魁楚为首席大学士兼兵部尚书，瞿式耜为东