???永历2年（公元1648年）11月上旬，忠勇军攻陷昆明城，擒获流寇定西将军李定国，斩杀杀害杨展的元凶武大定，另一元凶袁韬逃走。
除此之外，孙可望早已经挟持南明黔国公沐天波携印逃走，留在云南的不过明朝前任云南巡抚吴兆元，前任贵州巡抚范??。
在占领昆明之后，杨昭则分派兵马追击逃敌。
杨昭留下护卫镇守卫昆明城，安定民众，令董克治率领王畅第2镇、董大海第4镇，王复臣第10镇与娄义的骑兵第二营兵分两三路，率部攻打临近的广西府、广南府、临安府。
令杨?新在夺取镇雄府之后，与曹勋营一道攻打丽江府与大理府。
杨昭下令，凡是阻挡大军的土司，凡是敢公开拒敌的土司，一律夷灭三族，所部土司一律改为州县。
看到董克治等人领命出击，云南巡抚吴兆元甚为不解道：“国公爷，云南本为偏远之地，不知王化，很多土司迫不得已，如此方投降孙可望。
国公爷，如今忠勇军大败流寇于滇中，全省镇抚，国公爷可以委派各个文官携带印绶，如此云南全境之乱不难平定啊。”
杨昭摇头道:”吴老先生，以德报怨，何以报德？”
吴兆元微微一怔，摇头道：“国公爷，你在考卑职学问。此言出自论语“或曰：“‘以德报怨，何如？’子曰：“‘何以报德？以直报怨，以德报德。”
杨昭呵呵一笑道：“是啊，吴老先生学问虽然好，但孔夫子话的意思则不明白。如今天下纷乱不已，那些拥兵自重的云南土司无不闻风而起。
先是吾必奎叛乱，接着是沙定洲，如此无不显示土司力量强大，中央集权式微。若不改变这种状况，到时候难免再出现几个吾必奎，沙定洲之流啊。”
吴兆元笑道：“国公爷，吾必奎，沙定洲不过是少数，大多数土司还是安于现状，很少像吾必奎、沙定洲这样想反叛朝廷的。
大人，云南三大土司，如丽江木府，武定凤氏、广南侬氏雄