东南亚的华人问题既由来已久有又相当普遍，而其中拥有600万之众华人的印尼是华人问题最严重的国家。印尼的华人多灾多难，在1740年以来，华人就曾遭遇大屠杀，一百多年来，这种噩梦还云绕在印尼华人心头，他们能否摆脱恶梦仍是未知的答案。
华人向印尼移民的历史可追述到汉代，但是直到16世纪西方殖民者入侵之前没有形成所谓的华人问题。在这之前，原住民与华人相处融洽。从未发生过排华运动。其原因是，当时的华人虽然在情感上归属中国，但是其在印尼的经济地位不足以引起原住民的顾忌。另外，中华历史上封建王朝（至晚清政权前）都无华侨政策，甚或对海外华人采取敌视态度。
印尼华人问题便在晚清政权的以“血统主义”为原则的国籍法的颁布，这一对海外华侨政策由放任、敌视到保护的转变发生以后产生的。自此以后的中印（尼）关系可分为这样几个历史时期：晚清政府、民国政府不同时期又有不同的阶断。
晚清政府时期明清立国以来，为防海盗、倭寇，实行“海禁”政策，限制国人出洋谋生。政府长期都对海外的臣民漠不关心，甚至敌视态度。直到1860年清政府与英、法签订“北京条约”，被迫准许华工出国做工，禁令才被打破。
被带到世界各地的华工苦力惨遭非人待遇，拐匪掠贩人口出洋引起的对外纠纷和社会动荡，有损清廷颜面及其统治。另外，晚清政府派遣的外交官员与海外的华人有了接触，对华侨的富有有了极深印象，并认为可用于中国的现代化。基于此，清廷便逐渐转变过去漠视、敌视华工的态度。1893年在洋务派官员的推动下，正式废除了“海禁”令，此后又制定了不少涉侨政策，申明了对海外华人的保护态度。其中最为重要的是1909年颁布的以“血统主义”为原则的国籍法，规定凡是中华种族之人，不论是否出生于中华，都属于中华国籍。而印尼的殖民政府依据出身地原则确定国籍，这样使许多华人拥有双重国籍身份。这样的身份使以后原住民对华