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为做试验死在这两个部队的朝鲜人、蒙古人、美国人、朝鲜人和苏联人不计其数。
仅在731部队这个秘密魔窟，1942年11月到1945年8月的近3年时间，就有三四千人在试验中丧生，死后即被投入炼人炉。
石井把抓来的人统统称为“原木”，进行编号。
以他们进行的试验名目繁多，手段极其残忍。
有的是把细菌液注入人体，推进透明的隔离室里，在外面观察“原木”病变情形；有的是让“原木”饮用染菌水和口服染菌食物，然后观察他们的病变情景。
还进行毒气试验，冻伤治疗试验，真空环境试验，及活人解剖。
石井对菌液注射实验特别重视，每天都指使部属对“原木”进行试验。
他们把“原木”的衣服脱光，关在透明的隔离室，强行往他们身上注射鼠疫菌液。
数小时后，这些人便淋巴腺红肿，面部和胸部变成紫黑色，其余部位皮肤呈暗红色。
这些“原木”在极其痛苦中死后，便被投入炼人炉灭迹。
他们把成熟的西瓜、甜瓜等水果注入伤寒菌液，测量细菌繁殖程度，然后让“原木”吃。
在透明密闭的试验室内进行毒气试验更是灭绝人姓，一次就能夺去十几个到几十个人的姓命。
一天，石井指使部下把母女二人投入密闭室，然后让毒气渗入。
小女孩突然从母亲怀里抬起头，瞪着一双不解的大眼睛，痛苦惊慌地四处望。
母亲拼命保护孩子，她们很快就被毒死了，母亲在临死前的痉挛中还死死地抱着孩子。
而进行试验的小鬼子人则手拿秒表，冷漠地观察全过程。
为了试验冻伤防治，石井部队把“原木”在严寒的夜晚赶入旷野，让他们把双手插入冰水木桶里，甚至将他们的双手放进特制的透明冰箱里观察冻伤情况，并用棍子敲打看是否已经冻硬。
石井部队里，最繁忙和最血腥的是活人解剖。