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正德皇帝南巡回京之后比从前稍稍勤政一些，至少每天早朝不迟到不旷工了，他虽然听从杨廷和的建议驳回了王守仁的多数请求，却对段飞网开一面，把他调去了南京，任都察院右佥事。
段飞的升迁在南昌的官员们看来似乎是顺理成章，然而实际上这个任命却是经历了一场激烈的朝堂风暴才得以通过的，风暴的结果是内阁大学士梁储、毛纪因与宁王一案有涉而致仕，致仕大学士杨一清奉召重回朝堂，为武英殿大学士，兼兵部尚书，致仕户部尚书费宏任文渊阁大学士，兼户部尚书，其余因此而遭贬、致仕的大小官员无数。
梁储、毛纪都是杨廷和的人，而杨一清更是杨廷和的死敌，这一来正德制约杨廷和的目的就很明显了，费宏也是个老油条，政治嗅觉灵敏，善于见风使舵，比杨一清还要勇猛善战，入阁当日就上书揭发杨廷和与宁王过从甚密，收受宁王贿赂无数，请旨查撤。
杨廷和虽然感觉到大势已去，然而他好不容易才当上首辅，心中的抱负还未施展，岂肯就这么灰溜溜地离开朝堂？他奋力反击为自己分辩，百官也分成两派互相攻讦，再也没有闲工夫去管一个区区四品官的任命，见杨廷和不再反对，正德有些遗憾，早知道就毫不退让，硬是把段飞插入刑部做个郎中了，不知道那小子上朝拜见到自己时会是一副什么表情……
任都察院右佥事可是个正四品的官，虽然南京都察院不比北京都察院权重，但也很锻炼人，都察院什么都管啊，规谏皇帝，左右言路，弹劾、纠察百司、百官，巡视、按察地方吏治等。大凡从中央到地方的各级衙门，从皇帝到百官，从国家大事到社会生活，都在都察院的监察和言事范围。
明朝历代因为规谏皇帝而被罢官、打死的御史层出不穷，虽然皇帝未必听他们的，但是至少开拓了言路，在历史上也是一大进步。
对段飞而言这更是一个大进步，他才任五品按察司佥事不到两个月，就又得升迁至正四品右佥都御使，可见他圣眷正浓，应天的都察院又是