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畑俊六气急败坏，不顾鬼子细菌战专家的劝阻，强行下令对西山展开细菌战。
鬼子驻扎在南京的是‘荣1644‘细菌部队，细菌战专家小泉高介坚决反对：一、作为秘密武器，应该在关键时刻对支那政府军使用，对付武穆军这种民团使用细菌武器是大材小用；二、西山距南京太近，容易祸及自身；三、冬季温度低，不利于发挥细菌战的效果。无奈畑俊六一意孤行，小泉高介只好使用在冬季勉强还有效果的鼠疫。
鬼子飞机从高空投下大量的老鼠，老鼠身上则带着感染鼠疫菌的跳蚤。一时间，死神笼罩了西山大地。
随着瘟疫的传播，病号大量涌入紫微医院和武穆军总医院。马青翰不愧是留过洋的医学专家，虽然他不是学传染病科的，但很快就确认是鼠疫流行。王紫微在德国见过德军防化兵，马上组织卫生队加强自我防护：一、勤洗手、洗脸、洗衣物，消毒，二、接触病人要戴橡胶手套，没有橡胶手套就用缴获的避孕套替代。
周二狗等人听说瘟疫流行，马上开会听取马青翰、王紫微等人的汇报和建议。
二人先陈述情况，后提建议：目前瘟疫为鼠疫，应该是前一阶段鬼子飞机空投的老鼠所致；应对方法：1、禁止人员不必要的流动，2、广泛宣传鼠疫的发病特征，警告人们隔离、不许接触鼠疫患者，3、积极寻找治疗鼠疫的特效药，4、查找各方面有关鼠疫的资料，寻找控制鼠疫的方案，5、紧急上报政府，加强戒备。
戴笠很快派人给周二狗送来资料：
鼠疫也叫做黑死病，是流行于野生啃齿动物的疾病，是由鼠疫耶尔森菌引起的自然疫源性疾病。鼠作为重要传染源，人类主要是通过鼠蚤为媒介，经人得皮肤传入引起腺鼠疫，经呼吸道传入发生肺鼠疫。临床表现为发热、严重毒血症状、淋巴结肿大、肺炎、出血倾向。均可发展为败血症，传染性强，死亡率高，
在世界历史上,鼠疫曾发生三次大流行,死亡