周二狗在马青翰、王紫微紧急部署防疫行动的同时，也在部署反细菌战。他命令由端木长烟的特战大队将病菌的传播源投放到鬼子群里。
端木长烟接受任务后，召集手下集思广益制定作战预案，对鬼子展开反击。
端木长烟请来王紫微做技术指导，把瘟疫病号的粪便作为菌种制成传播源，用浓度适宜的糖水培养成无异味的“药引子”，灌装到拳头大小的陶瓶里，密封制成瘟疫瓶，由特战队员每人携带8个，以3个特战营分别潜入南京、上海、杭州。
在南京、上海、杭州，有许多日本商人经营的商店，他们为鬼子高级军官提供来自日本本土的酱油酱料、芥末、紫菜、海带、鱼干等日式食品和调料。端木长烟就把这些商店作为第一批目标。
武穆军特战队士兵潜入这些日本商人的商铺，将瘟疫瓶的“营养液”掺入供应给鬼子的食品、调料。这些食品、调料经过日本商人的渠道摆上鬼子高级军官的餐桌。鬼子又有生吃食物的习惯，所以带有病菌的调料、食品顺利的进入鬼子高级军官的肠胃，霍乱、鼠疫迅速在鬼子高级军官中蔓延。
畑俊六突然上吐下泻，经军医认定是染上霍乱，在军医和特效药的抢救下，畑俊六经过几天的上吐下泻、高烧脱水，直瘦得皮包骨头，和天照大婶亲密接触了一番后终于逃回人间。同时，畑俊六意识到武穆军又开始了反细菌战，马上部署各部队展开防疫工作，并且清查瘟疫的来源，清除武穆军的反细菌战人员。
对端木长烟来说这只是第一期作战计划，好戏才刚刚上演。
实话实说，日本人有很多优良的习惯，比如说卫生习惯。鬼子兵营内都有一个或几个厕所，但是掏粪、清洁厕所的脏活儿自然不能让大日本皇军去干，而是专门由支那苦力干这活儿，给支那大地提供肥料，也算是大日本皇军为支那人作出的一点贡献。
特战队士兵轻而易举就控制了给鬼子掏粪的大车，将“营养液”混进粪桶发酵，在预定好的同一天凌晨混入鬼子兵营。