他把自己的想法告诉了班纳，两人利用洛基权杖，一起造出一个人工智能机器“奥创”，但奥创认为想要和平就必须消灭人类和复仇者联盟，奥创纪元危机爆发。
他和复仇者们再次集结，对抗奥创，最终取得了胜利，阻止住了奥创毁灭地球的阴谋。
但是，由于复仇者联盟的几次行动给各个国家带来巨大的损失，联合国出台索科维亚协议，规定复仇者联盟必须接受联合国的管理。
复仇者联盟内部因为是否签协议起了争执，托尼因为研发奥创间接引发了索科维亚大战，心生愧疚，决定站在支持签署协议的一边，他与反对签协议的美国队长之间分歧越来越大，最终因为赫尔穆特·泽莫炸毁联合国会议室的问题而引发了复仇者联盟的内战。
莱比锡机场大战之后，托尼得知冬日战士受到了诬陷，美国队长的目的是正确的。
他心底过意不去，便来看望被关押的反对签署协议的英雄们，之后从猎鹰山姆处知晓了美国队长和冬日战士的位置，他赶到西伯利亚，想和美国队长、冬日战士一起探寻九头蛇组织的旧基地，挫败赫尔穆特·泽莫的阴谋。
但是也正因此三人中了泽莫的计策：托尼得知当年杀害他父母的人就是冬日战士的真相，陷入了疯狂，独自一人和美国队长及冬日战士展开大战，最后托尼被美国队长盾牌打中了方舟反应炉而失败。
但是美国队长也放弃了盾牌，冬日战士也被他打断了金属手臂，两人彻底决裂。
从西伯利亚回来之后，托尼收到了美国队长的道歉信和一部联系电话。
尽管他拒绝帮助国务卿罗斯将军阻止美国队长的越狱计划，但是他一直没有完全释怀。
后来，托尼开始指导蜘蛛侠彼得·帕克一步步走向超级英雄的道路，并开始和波茨谈婚论嫁。
灭霸的属下入侵纽约时，他和奇异博士、王以及班纳博士共同对抗乌木喉和黑矮星的入侵，这期间他掏出美国队长留给他的联系电话，但一直犹豫不决。