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既然海禁政策已经形容虚设，那么就不如干脆废止。别的暂且不提，大明穆宗皇帝朱载垕至少在这个问题上，还是表现出了辰纲独断的勇气，他马上就批准了福建巡抚涂****的奏折。
同年，也就是隆庆元年，大明穆宗皇帝朱载垕正式宣布解除海禁，并且也调整了海外贸易政策，允许民间私人远贩东西二洋，这就是史称的“隆庆开关”。
从此之后，大明王朝民间私人的海外贸易获得了合法的地位，东南沿海各地的民间海外贸易进入了一个新时期。
从此之后，大明王朝出现了一个比较全面的开放局面。
但是，因这个“比较全面的开放局面”而受益的，却并非是大明朝廷。或者，换句话说，获益最大的不是大明朝廷，而是商人和海盗，以及地方官吏。
如前所述，就是在海禁开放之前，私下里的海外贸易也从来没有真正停止过，只不过是要冒更大的风险，也要拿出更多的利益来分润各方罢了。而羊毛出在羊身上，这所有的费用，包括给海盗的买路钱，分润给各级官吏的打点钱，以及货物本身成本的增加，最后都会在最终的售价中体现出来，因此贩运货物的“附加值”自然也是异乎寻常。
时间来到万历二十七年（一五九九年），大明神宗皇帝朱翊钧下令恢复广州、宁波二市舶司，算是彻底全面正式开放了海禁。但这时大明王朝已经羸弱至极，官僚体系几近崩殂，朝廷的威慑力几近荡然无存，“法纪森严”也已经几乎成为很久之前的依稀回忆，市舶制度已经演变成市舶太监和地方官吏通过抽分恣意勒索、掠夺的手段。
纲纪荡然，漫无法度，中外商人和正常贸易都深受其害。
为了对日益扩大的民间海外贸易活动进行管理，大明朝廷也曾做出过努力。在开海后，以月港为治所设立海澄县，建督饷馆专门管理海商并收取税饷。
大明朝廷规定，凡出海者都要向政府领取船引（出海执照，每船一引，类似后世的车辆牌照。）并缴纳引税。