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七日正午，李舜臣发现巨济岛玉浦泊有倭寇海军战舰五十余只，遂率领舰队直冲倭寇舰队，双方随即在巨济岛附近展开激战。
由于朝鲜海军在接战前发射的“棒火矢”，倭寇舰只中有二十六艘当场被焚，前来支援的大型舰只也被击沉了五艘。
当日激战至落幕，双方只得收兵。第二天再战，李舜臣所部又击沉倭寇海军大型舰九艘，中型舰四艘。倭寇一看，损失过于惨重，若不及时撤离，恐有全军覆没之虞，因此只得仓皇逃窜。
玉浦海战，是朝鲜军自倭寇侵入以来的第一次胜利，同时也是倭寇入朝以来的初次失利。
倭寇颇不甘心，加之在玉浦海战中，朝鲜海军的秘密武器龟甲舰并没有投入战斗，所以，倭寇感到朝鲜海军也没有其他什么利器，初战失利，只不过是因为本方轻视的缘故。因此，倭寇海军决心与朝鲜海军再次决战，以决雌雄。
五月二十九日，李舜臣率领战舰二十三只驶向泗川洋面。倭寇海军战舰十三艘与倭寇陆军炮火联合进攻朝鲜海军，双方炮火十分激烈，战况也是极为惨烈。
此番战斗，倭寇是下了决心要与朝鲜海军决战的，因此准备也是非常的充分。李舜臣被迫将龟甲舰投入战斗，而他本人也在指挥作战时左肩负伤。
此战，日舰十三艘被全部击沉，而朝鲜海军则全身而退。
六与初二，李舜臣在唐浦再次与倭寇会战，日战舰二十一艘，其中大舰如板屋船者九艘，中小船只计二十一艘。在倭寇的战舰中，有一战舰高达三、四丈，外垂红罗帐，四面大书黄字，中间坐一倭寇将领。
李舜臣立即放出龟甲舰直冲大穿，火炮齐发，当场击毁了该舰。红罗帐下的倭寇将领立即毙命，其余战舰悉被焚毁。
战争结束后，从被击毁的红罗帐战舰上，拾得写有“太阁秀吉”字样的金团扇，方始知道该倭寇将官为九州大名龟井真矩。
六月五日，李舜臣消灭了加藤部下的海军战舰三十三艘，六日与倭寇海军