作时，整个实验室位于地下200米的深处，分上中下三大层，每层高约三十几米，有各自复杂的结构。
第一层为实验室员工休息区，分三个区域：研究者位于a区，管理人员位于b区，后勤、安保等其他工作人员位于c区。c区的人数最多，占地面积最大，三个区构成一个完整的圆形，圆形正中央便是通往第二层唯一通道，需要经过至少六道安检措施，乘坐同一套电梯体系，才能抵达第二层。
第二层是测试虫豸能力的区域，总体是个环状看台结构，四周高处部署各类监控室和瞭望窗，中央区域是一块圆柱形的封闭空间，由特种玻璃钢构成一个内外三层的坚固结构：最外层是一个圆柱形罩子，沿着罩子内壁有一圈环形通道，通道往里，又是一层玻璃钢结构的保护层，将一个个独立的测试间圈在里边，每个测试间是一个独立的封闭空间，由新型氮化碳材料构建而成，坚硬度堪比金刚石，价值不菲，这些实验室即可用于测试新虫豸的能力属性，又可作为虫豸搏杀对抗的平台，透过玻璃结构可以约莫观察到里边的动静，同时，全方位立体监控系统将里边的图像传递至外部的监控室，这是整个第二层的结构。
第二层通往最底层的途径更复杂，安检更为严格，据说安装了当前联邦最高的安全系统『神界晶』，只有通过十几个流程的检验才能抵达最底层。
第三层的面积相对较小，中心区域是核心实验室（原始实验体培育地）和能量核心（军工级核能反应炉），核能反应炉规模很小，价值却不小，完全不是岑牧在活尸窟所遇到的反应炉的档次，在核能技术方面，民用公司使用的技术是军工科技三十年至五十年前的技术。
核心实验室是整个实验室技术规格最高的基因图谱实验室，被称为『石炭纪』的地方，是创造和发明新生虫种的地方。
当年的事故便是从这里引发的，一个最具潜力的实验原生样本莫名获得突飞猛进的进化，让黑沙实验室的首席专家异常兴奋，他将成倍的精力投注在这个样本身上，以期打破黑